Pada buku ''The Lost Hero'', Percy telah menghilang beberapa bulan setelah pertempuran di Manhattan. Hal ini membuat Annabeth depresi, dan dia berusaha mencarinya kemanake mana-mana tanpa henti. Pada akhirnya, dia, dengan bantuan Jason Grace, mencapai kesepakatan bahwa Percy dan Jason telah ditukar dan sekarang dia berada di Perkemahan Jupiter/Romawi. Annabeth tidak muncul di buku ''The Son of Neptune'', tetapi dia menjadi satu-satunya orang yang Percy ingat saat dia amnesia di Perkemahan Jupiter. Di buku selanjutnya, ''The Mark of Athena'', Annabeth terungkap sebagai salah satu dari tujuh blasteran yang disebutkan pada Ramalan Besar Baru. Dia bertemu kembali dengan Percy dan ikut perjalanan di Argo II bersama Percy, Jason Grace, Piper McLean, Leo Valdez, Hazel Levesque, dan Frank Zhang, kali ini dalam misi pribadinya untuk mengambil kembali patung ibunya, Athena Parthenos, yang sudah dicuri oleh Bangsa Romawi. Di akhir novel, Annabeth berhasil mengalahkan musuh terakhir yang melindungi Parthenos, Arachne, tetapi Arachne menarik Annabeth untuk jatuh bersamanya ke Tartarus. Percy, yang mencoba menyelamatkannya, memilih untuk ikut jatuh dengan Annabeth. Di buku keempat, ''The House of Hades'', Annabeth dan Percy mencoba untuk mencari jalan keluar ke jantung Tartarus dengan menghalau berbagai rintangan yang mengerikan dan berbahaya di sana. Dengan bantuan dan pengorbanan Titan [[Iapetos|Iapetus]] (yang sekarang bernama "Bob") dan Gigant Damasen, mereka berhasil keluar melalui Pintu Kematian kembali ke dunia atas.
