Suami Markéta berkonflik dengan saudaranya Otto IV (meninggal tahun 1334) dan sepupunya, Heinrich XV, Adipati Bayen atas partisi tanah mereka yang memperburuk hubungan di antara kaisar dan Heinrich XIV, yang bersekutu dengan ayahanda Markéta, Jan. Beberapa bulan setelah rekonsiliasi dengan Ludwig IV pada bulan Februari 1339 Heinrich meninggal karena penyakit [[Penyakit Hansen|kusta]] dan digantikan oleh putra sulungnya, Johann I, Adipati Bayern. Dengan kematian Adipati Johann I pada tahun 1340 Ludwig IV, Kaisar Romawi Suci menjadi ahli waris Bayern Hilir dan kemudian menyatukan kembali kadipaten Bayern. Markéta sebagai anggota keluarga Wangsa Luksemburg harus kembali ke Bohemia.
