Setelah kemerdekaan, mengajar sebagai [[Dosen]] di [[Seskoad]] [[Bandung]] pada tahun 1966, kemudian setelah itu menjabat Wakil Kepala Staf [[Komando Daerah Militer Jaya/Jayakarta|Kodam V/Jaya]] tahun 1968.
Sepanjang hidupnya, A.E. Manihuruk seorang pekerja keras yang menguasai bidang administrasi dan perencanaan strategi, merumuskan berbagai pola-pola pembinaan [[Pegawai Negeri Sipil]] (PNS) seperti pembuatan Nomor Induk Pegawai (NIP), pensiun untuk Pegawai Negeri Sipil dan disiplin Pegawai Negeri Sipil[[PNS]].<ref>{{Citation|last1= Jackson |first1= Karl D |last2= Pye |first2= Lucian W |year= 1980 |title= Political Power and Communications in Indonesia |publisher= University of California Press |publication-place= Los Angeles |pp= 108 − 131 |url= http://books.google.co.id/books?id=ktP7qHLI8gcC&lpg=PP1&dq=Political%20Power%20and%20Communications%20in%20Indonesia&hl=id&pg=PA108#v=onepage&q&f=false |accessdate= 14 Agustus 2019 }}</ref>
Raja Keraton [[Sri Sultan Hamengku Buwono IX]] tercatat sebagai [[PNS]]pegawai negeri pertama Indonesia yang memiliki NIP 010000001, hal ini tertuang dalam Kartu Pegawai Negeri Sipil Republik Indonesia yang diterbitkan Badan Administrasi Kepegawaian Negara (BAKN) dan ditandatangani A.E. Manihuruk selaku Kepala BAKN saat itu.<ref>{{Citation|last1= |first1= |last2= |first2= |year= 2019 |title= Kisah Sultan Hamengku Buwono IX Menjadi PNS Pertama Indonesia |publisher= |publication-place= |pp= |url= http://www.teras.id/life/pat-2/164810/ |accessdate= 15 Agustus 2019 }}</ref>
