Agung merupakan alumni SMA Taruna Nusantara, yang kemudian meraih gelar sarjananya didari jurusan Teknik Industri, [[Institut Teknologi Bandung]] (ITB) tahun 2000. Agung kemudian menyelesaikan studi pada program M.B.A. dan M.Sc. dalam bidang International Production Management di [https://www.tuhh.de/tuhh/startseite.html Universitas Teknologi Hamburg-Harburg (TUHH), Jerman] tahun 2002. Agung memperoleh gelar PhD dalam bidang International Management dari [https://www.unisg.ch Universitas St Gallen, Swiss .]<ref>{{cite web|url= https://www.sbm.itb.ac.id/2018/11/01/agung-wicaksono-the-new-transjakartas-president-director/||title=Agung Wicaksono The New Transjakarta's President Director|work=[[sbm.itb.ac.id]]|accessdate=21 Agustus 2019}}</ref>
