Bandara Juwata pertama kali dibangun pada masa penjajahan [[Belanda]] dan menjadi pangkalan militer bagi pesawat-pesawat tempur milik Belanda. Pada tanggal [[11 Januari]] [[1942]] pesawat tempur milik [[Jepang]] mendarat pertama kalinya di Indonesia di Bandara Juwata untuk merebut [[Hindia Belanda]].
Namun setelahSetelah merdeka, bandara ini awalnya beroperasi sebagai bandara perintis dengan hanya menggunakan pesawat kecil dan pada awal tahun 2000, Bandara Juwata ditingkatkan statusnya menjadi bandara domestik dengan panjang runway 1.850 meter yang dilayani maskapai [[Bouraq Indonesia Airlines|Bouraq Indonesia]], [[Dirgantara Air Service]], [[Citilink]], [[Kartika Airlines]], [[Tigerair Mandala|Mandala Airlines]], [[Merpati Nusantara Airlines]] dan [[Pelita Air Service]]. Pada tahun 1997, penerbangan internasional pertama dilayani oleh [[Bouraq Indonesia Airlines|Bouraq Indonesia]] untuk rute Tarakan-Tawau, tahun 2006 [[Malaysia Airlines]] juga membuka rute Tarakan-Tawau, penerbangan dari Tarakan-Tawau ditutup pada tahun 2000 oleh [[Bouraq Indonesia Airlines|Bouraq Indonesia]] dan 2010 oleh [[Malaysia Airlines]]. Dibulan [[Februari]] tahun [[2012]] maskapai penerbangan [[Malaysia Airlines]] yang dioperasikan [[MASwings]] kembali membuka rute Tarakan-Tawau setiap hari Senin, Rabu dan Kamis. Sejak [[1 Juli]] [[2012]] [[MASwings]] terbang setiap hari dengan rute Tarakan-Tawau dan Tarakan-Kota Kinabalu<ref>http://www.maswings.com.my/press/12062101.html</ref>.
