Amiruddin menjadi rektor [[Universitas Hasanuddin]], [[MakassarUjung Pandang]] pada tahun 1973. Saat jadi rektor, ia menjadi pelopor utama memindahkan kampus Universitas Hasanuddin Baraya Jalan Sunu ke Tamalanrea. Selain itu, Rumah Sakit Pendidikan Unhas yang dulunya di Rumah Sakit Dadi juga ikut dipindahkan menjadi [[Rumah Sakit Dr. Wahidin Sudirohusodo|RS Dr. Wahidin]], [[Tamalanrea, Makassar|Tamalanrea]].<ref name=beritakotamakassar /> Pada periode kedua, Amiruddin melakukan terobosan dengan mengirim 100 mahasiswa [[pascasarjana]] ke [[Jepang]] dan [[Eropa]] untuk program [[doktoral]] di bidang [[kedokteran]]. 10 tahun memimpin Unhas, Amiruddin akhirnya digantikan oleh [[Hasan Walinono]].<ref name=beritakotamakassar />
