Bondan memiliki dua anak masing-masing bernama Purwendah Sekarhapsari danIstrinya Bondan Kanumuyoso. Istrinya, Heridiana telah meninggal pada 17 Maret 2011 yang lalu.<ref>[https://nasional.inilah.com/read/detail/1330192/mantan-mensesneg-bondan-gunawan-berduka Mantan Mensesneg Bondan Gunawan Berduka] ''Inilah.com''</ref> Ia di karuniai memiliki tiga anak masing-masing bernama Purwendah Sekarhapsari, Bondan Kanumuyoso dan [[Putri Ayu Anisya]]. Salah satu anaknya, Putri Ayu Anisya sekarang menjadi anggota [[Dewan Perwakilan Rakyat Daerah]] [[Tangerang Selatan]] (DPRD Tangsel) dari fraksi [[Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan]] (PDI-P).<ref>{{Cite web|url=https://jakarta.tribunnews.com/2019/08/29/perempuan-termuda-di-dprtangsel-putri-ayu-ingin-patahkan-stigma|title=Perempuan Termuda di DPRTangsel: Putri Ayu Ingin Patahkan Stigma|website=Tribun Jakarta|language=id-ID|access-date=2020-01-14}}</ref> Selain itu, ia juga merupakan adik dari salah satu [[Pahlawan Revolusi]], [[Brigjen]] [[Katamso Darmokusumo]] yang tewas dalam peristiwa [[G30S/PKI]] di Yogyakarta.<ref name="Bondan">http://www.library.ohiou.edu/indopubs/2000/06/02/0103.html</ref>
{{kotak suksesi|jabatan=[[Daftar Menteri Sekretaris Negara Indonesia|Menteri Sekretaris Negara]]|tahun=2000|pendahulu=[[Alirahman]]|pengganti=[[Djohan Effendi]]}}
