Pada Januari 2020, Gus DurSalahuddin menjalani [[ablasi]] di Rumah Sakit Jantung Harapan Kita, [[Jakarta]]. Dia kemudian dirujuk kembali ke rumah sakit karena dia melaporkan masalah setelah prosedur, yang membutuhkan operasi pada tanggal 31 Januari. Kondisinya tidak membaik setelah operasi dan ia meninggal pada pukul 20.55 WIB pada 2 Februari.<ref>{{cite web|url=https://news.detik.com/berita/d-4882861/innalilahi-wa-inna-ilaihi-rajiun-gus-solah-wafat|title=Innalilahi Wa Inna Ilaihi Raji'un, Gus Solah Wafat|author=Danu Damarjati|language=id|work=Detik.com|date=2 February 2020}}</ref><ref>{{cite news|url=https://www.cnbcindonesia.com/news/20200202212852-4-134614/mantan-wakil-ketua-komnas-ham-gus-sholah-tutup-usia|title=Mantan Wakil Ketua Komnas HAM Gus Sholah Tutup Usia|work=CNBC Indonesia|date=2 February 2020}}</ref> Tubuhnya akan diterbangkan pada pagi hari tanggal 3 Februari ke Jombang, di mana [[pemakaman]]nya dijadwalkan pada sore hari. Dia akan dimakamkan di tanah pemakaman Tebuireng, di kompleks yang sama di dekat orang tua, kakek-nenek, dan almarhum saudaranya, Abdurrahman Wahid.<ref>{{cite news|url=https://nasional.kompas.com/read/2020/02/02/23280231/jenazah-gus-sholah-akan-dimakamkan-di-tebuireng|title=Jenazah Gus Sholah Akan Dimakamkan di Tebuireng|work=Kompas|date=2 February 2020|author1=Kristian Erdianto |author2=Krisiandi}}</ref>
