Berbeda dengan musim lalu, tim-tim yang berhasil maju ke putaran kedua di [[Liga 3 2019|musim sebelumnya]] akan mulai dari putaran provinsi masing-masing. Pertama, setiap provinsi mengadakan liga provinsi mereka diikuti oleh tim amatir tanpa batas dengan format kompetisi yang berbeda. Kemudian tim yang memenuhi syarat dari liga provinsi bersaing di wilayah masing-masing untuk mendapatkan 32 slot di babak nasional.<ref>{{cite web |title=Klub Liga 3 Sumut Karo United Tak Lagi Menunggu di Pra Nasional |url=https://www.indosport.com/sepakbola/20200216/klub-liga-3-sumut-karo-united-tak-lagi-menunggu-di-pra-nasional |website=INDOSPORT.com |accessdate=21 February 2020 |language=en |date=16 February 2020}}</ref>
