Neil Ferguson lahir di Cumbria dan besar di Mid Wales. Ia melewati sekolah tingkat atas di SMA Llanidloes. Ayahnya adalah seorang psikolog pendidikan, sementara ibunya penjaga perpustakaan yang kemudian menjadi pendeta Anglikan.
Ia menerima Master of Arts in Physics tahun 199901990 di Lady Margaret Hall, Oxford dan gelar Doctor of Philosophy degree in theoretical physics empat tahun kemudian di Linacre College, Oxford. Riset doktoralnya meneliti interpolasi dari crystalline menjadi permukaan acak yang tertriangulasi secara dinamis, disupervisi oleh John F. Wheate.<ref>[http://solo.bodleian.ox.ac.uk/primo-explore/fulldisplay?docid=oxfaleph015728374&vid=SOLO&search_scope=LSCOP_ALL&tab=local&lang=en_US&context=L ''Continuous interpolations from crystalline to dynamically triangulated random surfaces''.] dari situs bodleian<</ref>
