''Yorishiro'' dan sejarahnya terkait erat dengan kemunculan [[kuil Shinto]]. Bangsa Jepang Kuno tidak memiliki gagasan mengenai dewa-dewi antropomorfis (menyerupai manusia), tetapi merasakan kehadiran para spirit di alam beserta fenomenanya.<ref name="Tamura20">Tamura (2000:21)</ref> Gunung, hutan, hujan, angin, petir dan kadangkalakadang kala hewan dipercaya mengandung kekuatan spiritual, dan perwujudan material dari kekuatan tersebut dipuja sebagai ''kami'', suatu entitas yang esensinya mendekati konsep [[mana]] dalam masyarakat Polinesia daripada [[Tuhan]] menurut [[Dunia Barat]].<ref name="Tamura20"/> Tetua desa meminta nasihat ''kami'' dan mengembangkan ''yorishiro'', alat yang dipakai untuk menarik perhatian ''kami'' yang bekerja seperti [[penangkal petir]].<ref name="Tamura20"/> ''Yorishiro'' dipersiapkan untuk menarik ''kami'' dan memberikannya suatu ruang fisik untuk ditempati agar dapat diakses oleh manusia biasa untuk keperluan keagamaan.<ref name="Tamura20"/> Karena tujuan inilah maka ''yorishiro'' masih digunakan hingga sekarang.<ref name="EoS"/> Sidang dewan desa diselenggarakan di titik sunyi di wilayah gunung atau hutan dekat pohon besar, batu, atau benda alami lain yang dapat berfungsi sebagai ''yorishiro''.<ref name="Tamura20"/> Tempat suci tersebut beserta ''yorishiro'' yang ada perlahan-lahan berkembang menjadi [[kuil Shinto|kuil]] seperti yang bisa disaksikan sekarang.<ref name="Tamura20"/> Bangunan yang pertama didirikan pada kompleks kuil pada mulanya merupakan gubuk biasa yang dipakai untuk menyimpan beberapa ''yorishiro''.<ref name="Tamura20"/>
Asal mulanya dapat ditelusuri melalui istilah {{nihongo|''hokura''|神庫}}, secara harfiah berarti "rumah penyimpanan dewa", yang berkembang menjadi ''[[hokora]]'' (juga ditulis dengan huruf 神庫), salah satu kata kuno yang berarti "kuil".<ref name="Tamura20"/> Kebanyakan benda keramat yang bisa didapati di [[kuil Shinto]] pada masa kini (pohon, [[Yata no kagami|cermin]], [[Kusanagi-no-tsurugi|pedang]], [[Yasakani no magatama|batu ''magatama'']]) pada awalnya merupakan ''yorishiro'', dan kemudian menjadi ''kami'' menurut fungsi masing-masing.<ref name="Tamura20"/>
