[[Berkas:Agar plate with colonies.jpg|jmpl|250px|Cawan agar yang ditumbuhi mikroorganisme yang diisolasi dari perairan dalam.]]
'''Mikroorganisme''' atau '''mikrobamikrob''' adalah [[organisme]] yang berukuran sangat kecil sehingga untuk mengamatinya diperlukan alat bantuan.<ref name="Madigan">{{cite book|last=Madigan|first=MT|coauthors=Martinko JM, Dunlap PV, Clark DP|title=Brock Biology of Microorganisms|edition=Edisi ke-12|location=San Francisco|publisher=Pearson Benjamin Cummings|pages=hlm. 2|isbn=9780321536150}}</ref> Mikroorganisme disebut juga organisme mikroskopik.<ref name="Madigan"/> Mikroorganisme sering kali ber[[sel (biologi)|sel]] tunggal (uniseluler) maupun bersel banyak (multiseluler) <ref name="Madigan"/>. Namun, beberapa [[protista]] bersel tunggal masih terlihat oleh mata telanjang dan ada beberapa spesies multisel tidak terlihat [[mata]] telanjang.{{fact}} [[Virus]] juga termasuk ke dalam mikroorganisme meskipun tidak bersifat seluler.<ref name="Madigan"/>
[[Ilmu]] yang mempelajari mikroorganisme disebut [[mikrobiologi]].<ref name="Madigan"/> Orang yang bekerja di bidang ini disebut mikrobiolog.{{fact}}
