KRL ini sebenarnya sudah ada dari jamanzaman Belanda (saat itu dioperasikan menggunakan lokomotif listrik) dan sekitar tahun 1987 - 1988 menggunakan KL-2 861xx / KL-2 871xx (Sekarang KL-3 861xx / KL-3 871xx) [[kereta rel listrik Rheostatik|KRL Rheostatik]] berbahan baja anti karat (''Stainless Steel''). Pada tahun 1994, KRL AC Pakuan Utama diluncurkan sebagai brand Perumka (Sekarang [[Kereta Api Indonesia|PT.Kereta Api Persero]] ), dan awalnya KRL AC tersebut untuk KLB Presiden [[Soeharto]] untuk meresmikan jalan layang Jakarta Kota-Manggarai. Pada tahun berikutnya KRL KL-2 941xx ([[kereta rel listrik BN-Holec|KRL BN-Holec]]) digunakan untuk KRL Pakuan bisnis, lalu pada tahun 2000 KRL Pakuan AC menggunakan KRL Toei 6000, lalu disusul [[kereta rel listrik JR East seri 103|JR East 103]] eks Musashino Line, [[kereta rel listrik Tokyu Corporation seri 8000|KRL Tokyu 8000]] dan [[kereta rel listrik Tokyu Corporation seri 8500|8500]], [[kereta rel listrik Tokyo Metro seri 5000|KRL Tokyo Metro 5000]], [[kereta rel listrik Tokyo Metro seri 7000|7000]], [[kereta rel listrik Tokyo Metro seri 05|05]], [[kereta rel listrik Toyo Rapid seri 1000|KRL Toyo Rapid 1000]]. KRL ini melakuan perjalanan terakhirnya di akhir bulan Juni 2011 menggunakan KRL Tokyu 8500 sebagai KRL Pakuan Ekspres AC terakhir.
