Sebagai upaya konkritkonkret mengisi hubungan bilateral, Pemerintah Indonesia dan Yaman mengadakan Sidang Pertama Komisi Bersama di Yogyakarta, 8-10 Agustus 2005, dimana masing-masing delegasi dipimpin oleh Menteri Luar Negeri. Dalam sidang tersebut telah ditandatangani berbagai naskah kesepahaman (MoU) kerjasama perdagangan, peningkatan ekspor, investasi, industri, kawasan berikat, energi dan perdagangan, perbankan, pertanian, kelautan dan perikanan, kesehatan, HAM, pendidikan, keagamaan serta perhubungan.
