Sementara itu, [[Fernando de Magelhaens|Magelhaens]] tidak melanjutkan pelayarannya. Ia kembali ke [[Imperium Portugal|Portugal]], kemudian mencari dukungan [[Kaisar Romawi Suci]], [[Karl V, Kaisar Romawi Suci|Karl V]].{{Efn|Karl V juga merupakan [[Daftar Penguasa Spanyol|Raja Spanyol]], [[Daftar Penguasa Austria#Adipati Utama Austria|Adipati Utama Austria]], dan [[Belanda Habsburg|Tuan Belanda]].}} Dengan dukungannya, ia berlayar kembali menuju Maluku bersama pasukannya pada 1519.{{Sfn|Leonardo de Argensola|1708|p=11}} Berbeda dengan jalur sebelumnya, Magelhaens melewati pesisir [[Brasil]], turun ke sebuah [[Selat Magelhaens|selat di selatan Amerika]] menuju [[Cebu]].{{Sfn|Leonardo de Argensola|1708|p=12}} Terbunuh di sana, rombongannya tetap berlanjut ke [[Kalimantan|Borneo]] dan dari sana tiba di [[Kesultanan Tidore|Tidore]] pada 1521.{{Sfn|Leonardo de Argensola|1708|p=|pp=13–14}} Di sana, rombongan Spanyol diterima baik oleh [[Al-Mansur dari Tidore|Sultan Al-Mansur]] dan berhasil bersekutu dengan Tidore serta [[Jailolo, Halmahera Barat|Jailolo]].{{Sfn|Leonardo de Argensola|1708|p=14}}{{Sfn|Brown|2004|p=}} Setelah Spanyol datang, terjadi beberapa peperangan antara Portugis dan Spanyol yang diselesaikan dengan penandatanganan [[Perjanjian Saragosa]] pada 1529 yang berisi Spanyol meninggalkan Maluku dengan tanggungan yang harus dibayar oleh Portugis.{{Sfn|Leonardo de Argensola|1708|p=|pp=30–32}}
Penyalahgunaan kekuasaan sering dilakukan kapten-kapten Portugis. Hubungan buruk Portugis dengan raja-raja setempat memburukmemuncak pada masa pemerintahan [[Daftar Gubernur Maluku#Daftar Gubernur Masa Pemerintahan Kerajaan Portugal dan Algarver|Kapten]] Tristão de Ataide. Terdapat perlawanan bawah tanah yang berakhir dengan penangkapan [[Tabariji dari Ternate|Tabarija]], Sultan Ternate, dengan tuduhan pengkhianatan, dilanjutkan dengan pengasingan ke [[Goa, India|Goa]].{{Sfn|Abdurachman|2008|p=6}} Hal ini serta pengalahgunaan kekuasaan oleh de Ataide selama menjabat menimbulkan kerusuhan di Maluku hingga ia digantikan oleh [[Antonio Galvao|António Galvão]] pada 1536, dikenal dengan masa tenang.{{Sfn|Abdurachman|2008|p=129}} Galvão menghasilkan kebijakan untuk menjaga hubungan baik dengan raja-raja Maluku. Ia pun dikenal membawa teknologi pembangunan Eropa dan tanaman-tanaman seperti [[tomat]], [[Avokad|alpukat]], dan [[Ketela pohon|ketela]] dari jajahan lainnya untuk memperbaiki gizi rakyat Maluku.{{Sfn|Abdurachman|2008|p=7}} Pada masa Galvão pula bangsawan Maluku mendapatkan pendidikan membaca, menulis, [[aritmetika]],barat dan [[katekismus]] dengan bantuan [[Yesuit]].{{Sfn|Abdurachman|2008|p=|pp=7–8}} Hal ini memperkokoh kedudukan Portugis di Maluku, banyak raja-raja Maluku datang ke Ternate untuk membayar upeti, mengirimkan anaknya sekolah, serta meminta petunjuk [[Gereja Katolik Roma|agama baru]].{{Sfn|Abdurachman|2008|p=8}} Pada 1537, Portugis mendirikan jajahan baru di [[Pulau Buru|Buru]], Ambon, dan [[Pulau Seram|Seram]]; diberikan sebagai hadiah oleh [[Tabariji dari Ternate|Dom Manuel Tabarija]] melalui Jordão de Freitas yang kemudian hari menjadi kapten.{{Efn|[[Tabariji dari Ternate|Tabarija]] dibaptis menjadi [[Gereja Katolik Roma|Katolik]] pada 1536 ketika ditahan di [[India Portugis|Goa]]. Manuel merupakan nama Kristennya, sedangkan Dom merupakan gelarnya.{{sfn|1=Abdurachman|2=2008|p=9}}}}]] melalui Jordão de Freitas yang kemudian hari menjadi kapten.{{Sfn|Abdurachman|2008|p=|pp=10–11, 238}} Di Ambon, hubungan antara Portugis dengan Hitu juga terjaga dengan baik. Kapal-kapal Portugis juga mulai berlabuh di [[Tawiri, Teluk Ambon, Ambon|Tawiri]] dan [[Hative Besar, Teluk Ambon, Ambon|Hatiwe]] yang masih dalam kekuasaan Hitu dan termasuk dalam [[Uli Siwa]]. Di sana, tumbuh pula permukiman Kristen di mana sering terjadi perkawinan campuran.{{Sfn|Abdurachman|2008|p=|pp=8, 128}} Namun, pada 1537–1538, terjadi pertikaian Portugis-Hitu hingga Portugis sempat diusir ke [[Poka, Teluk Ambon, Ambon|Poka]] di mulut Teluk Dalam yang termasuk dalam [[Uli Lima]].{{Sfn|Abdurachman|2008|p=|pp=8–9, 129}} Ketika pemerintahan Galvão berakhir pada 1539, rakyat Maluku memohon kepada Kapten Melaka agar ''O Pai''{{Efn|Panggilan rakyat Maluku untuk António Galvão, berarti ayah.}} mereka tetap menjabat.{{Sfn|Abdurachman|2008|p=9}} Sejak itu, sejarah Maluku diisi oleh pertikaian antara raja-raja pribumi dengan Portugis.{{Sfn|Abdurachman|2008|p=130}}
Sebelum kematiannya, Dom Manuel Tabarija mewariskan Ternate kepada [[Daftar Penguasa Portugal|Raja Portugal]] pada 1545.{{Sfn|Abdurachman|2008|p=|pp=10–11, 238}} Pada tahun yang sama pula, [[Fransiskus Xaverius]] mengabarkan setidaknya sudah ada 37 desa Kristen di Ambon dan [[Kepulauan Lease|Lease]].{{Sfn|Abdurachman|2008|p=5}} Setahun kemudian, [[Khairun Jamil dari Ternate|Sultan Khairun]] tercatat menyerahkan kembali Maluku kepada Raja Portugal sebagai [[vasal]].{{Sfn|Abdurachman|2008|p=239}} Ambon mendapatkan kaptennya sendiri pada 1562, meski masih di bawah kapten di Ternate.{{Sfn|Abdurachman|2008|p=15}} Saat menguasai Ternate, Portugis juga berhasil menguasai [[Kepulauan Lease|Lease]] dan tenggara Maluku.{{Sfn|Abdurachman|2008|p=|pp=12–14}} Hubungan baikburuk Portugis dengan raja-raja Maluku berakhirmemuncak kembali setelah Portugis membunuh [[Khairun Jamil dari Ternate|Sultan Khairun]] pada 1570.{{Sfn|Abdurachman|2008|p=17}} Anaknya, [[Baabullah dari Ternate|Baabullah]], berhasil mengusir Portugis ke Ambon dengan dukungan Tidore dan Bacan pada 1575. Saat itu pula Portugis membangun [[Benteng Victoria|Benteng Nossa Senhora da Anunciada]] yang nantinya menjadi [[Kota Ambon]].<ref>{{Cite web|url=https://www.ambon.go.id/sejarah-ambon/|title=Sejarah Ambon|last=|first=|date=|website=Pemkot Ambon|publisher=Dinas Komunikasi Informatika dan Persandian Kota Ambon|access-date=12 April 2020}}</ref> Meskipun demikian, Tidore yang merasa tertekan oleh Ternate beralih ke Portugis. Pada 1578, Portugis sudah membangun benteng di Tidore dan kembali menguasai Maluku.{{Sfn|Brown|2004|p=}}
<references />
|