Hipomagnesemia dapat disebabkan oleh kelaparan dalam jangka waktu lama, alkoholisme, pasien dengan penyakit kritis yang hanya mendapatkan [[nutrisi secara [[parenteral]]. Beberapa jenis obat seperti [[diuretik]]a (golongan tiazid, diuretika osmotik), [[penghambat pompa proton]], [[antibiotik]] golongan [[aminoglikosida]], [[amfoterisin B]], obat-obat digitalis, dan obat [[kemoterapi]] seperti [[sisplatin]] dan imunosupresan seperti [[takrolimus]] dan [[Siklosporina|siklosforina]] juga dapat menyebabkan terjadinya hipomagnesemia. Gangguan ginjal dan atau saluran pencernaan seperti [[diare]] akut, diare kronis ([[penyakit Crohn]] dan [[kolitis ulseratif]]), [[sindrom tulang lapar]] atau ''hungry bone syndrome'' atau HBS (peningkatan pengambilan magnesium oleh tulang setelah tindakan [[paratiroidektomi]] atau [[tiroidektomi]], yang menyebabkan penurunan kadar magnesium dalam darah), [[pankreatitis]] akut, operasi ''bypass'' [[lambung]], gangguan tubulus ginjal yang diwariskan (sindrom Gitelman, sindrom Bartter), hipomagnesemia familial dengan [[hiperkalsiuria]] dan [[nefrokalsinosis]] dan beberapa penyakit ginjal genetik juga menjadi penyebab kondisi ini.<ref name=":1" /><ref name=":2" /><ref name=":3" /><ref name=":4" /><ref name=":5" /><ref name=":6" /><ref name=":7" />
