Sys juga aktif dalam dunia politik. Sys menjadi Anggota Badan Pekerja (PAH II) [[MPR]]-RI, periode 1999-2000 dan Anggota MPR-RI, Utusan Golongan, periode 1999-2004. Pada tahun 2001, Sys menjadi salah satu pendiri [[Partai Demokrat]]. Pada tahun 2005, Sys mendeklarasikan dirinya sebagai kandidat Ketua Umum Partai Demokrat. Bahkan sebagai langkah awal untuk kampanye, Sys meluncurkan sebuah buku biografi berjudul ''Sys NS: Yesterday, Today, & Tomorrow'' pada tanggal 15 Mei 2005.<ref>[http://www.kapanlagi.com/h/0000063733.html Sys NS Luncurkan Buku Biografinya], diakses 5 Desember 2007</ref> Sayang pada kongres di [[Bali]] bulan Mei 2005, Sys kalah bersaing dengan adik ipar [[SBY]], Hadi Utomo.<ref>[http://www.gatra.com/2006-12-18/versi_cetak.php?id=100324 Napas Pendek Zombie Frustrasi], diakses 5 Desember 2007</ref> Di penghujung tahun 2005, Sys menyatakan mundur dari Partai Demokrat karena merasa sudah tidak lagi sejalan dengan misi dan visinya.<ref>[http://www.kapanlagi.com/h/0000094721.html Sys Ns Undur Diri dari PD], diakses 5 Desember 2007</ref> Setelah meninggalkan Partai Demokrat, Sys NS mendirikan partai baru, Partai Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI) yang akhirnya namanya diubah menjadi Partai Nusantara Kedaulatan Rakyat Indonesia. Partai ini telah terdaftar di Departemen Hukum dan HAM tertanggal 18 Oktober 2006 setelah sebelumnya didirikan pada 18 Juli 2006.<ref>[http://www.indomedia.com/bpost/112006/23/depan/utama4.htm "Ini Partai Paling Gaul"], diakses 5 Desember 2007</ref> Namun partai tersebut tidak lulus verifikasi faktual untuk ikut dalam Pemilu 2009.<ref>[http://nasional.kompas.com/read/2008/07/08/01443634/partai.nkri.gagal.lolos.verifikasi Partai NKRI Gagal Lolos Verifikasi], 8 Juli 2008.</ref>
