Antara 1887-1888 saat cuti ke Eropa, Treub membentuk Commissie tot Bevordering van het Natuurkundig Onderzoek der Nederlandsche Koloniën (Komisi untuk Pemajuan Penelitian Ilmu Alam di Daerah Koloni Belanda). Sekembalinya ke [[Kota Bogor|Buitenzorg]], ia membentuk lembaga serupa bernama Indische ComiteComité van Wetenschappelijk Onderzoek (Komite Penelitian Ilmiah Hindia Belanda). Tujuan kedua organisasi ini adalah mendanai penelitian ilmiah berskala besar. Pada 1888 Treub yang sudah punya pengaruh di jajaran pemerintah kolonial, mampu memberikan dukungan kepada seorang ahli paleontologi, [[Eugène Dubois]], untuk penelitian awalnya tentang manusia purba di Hindia Belanda. Dua tahun berikutnya, kedua lembaga ini disatukan dan berubah menjadi [[Maatschappij ter Bevordering van het Natuurkundig Onderzoek der Nederlandsche Koloniën]] (Perhimpunan untuk Pemajuan Penelitian Ilmu Alam di Daerah Koloni Belanda) dan mendapatkan pendanaan dari pemerintah Belanda. Lembaga ini kerap disebut Perhimpunan Treub atas jasa dan status Treub sebagai kepala lembaga. Pendanaan ini mendukung sejumlah ekspedisi, seperti ke Borneo (1893-1894), [[ekspedisi Siboga]] yang fokus pada biota laut (1899-1900), dan beberapa ekspedisi ke Irian Jaya pada dekade pertama abad 20. Perjalanan-perjalanan tersebut diintergrasikan dengan proyek penelitian di Kebun Raya Bogor.{{Sfn|Andrew Goss|2014|p=115-116}}{{commonscat}}
