PadaSemula, mulanyawilayah Desadesa Besakih adalah hutan belantara yang tidak berpenghuni. Pada sekitar abad ke-9 M, datanglah ''[[Markandeya|Sang Yogi Markandya'']] disertai oleh pengiringnya yang berjumlah ratusan orang dengan tujuan mencari tempat pemukiman baru. Beliau beserta rombongannya iniIa berasal dari daerah di sekitar [[Gunung Raung]], [[Jawa Timur]]. Namun kedatangan Beliaukedatangannya ke Bali pada gelombang pertama tidak berhasil karena adanya gangguan seperti penyakit, binatang buas, dan lain sebagainya sehingga sebagian besar pengiring beliaupengiringnya tewas. Melihat kenyataan ini, maka beliauia kembali ke Jawa untuk mencari pengiring sambil mohon petunjuk pada Yang Maha Kuasa. Setelah berhasil mendapatkan lagi pengiring dan mendapat anugerah tentang cara menghadapi gangguan ketika di Bali, maka beliauia kembali Ke Bali. Pada kedatangan yang kedua inilah beliauia mengadakan suatu upacara dengan menanam ''Panca Datu'' untuk mohon keselamatan. Ternyata setelah melakukan upacara itu pengiring beliauia selamat dan bisa menetap di tempat tersebut.
Nama Desa Besakih ada kaitannya dengan kedatangan Sang Yogi Markandya seperti yang diuraikan di atas, terutama dikaitkan dengan pelaksanaan upacara penanaman Panca Datu pada kedatangan kedua ''Rsi Markandya''. Tempat di mana beliauia menanam Panca Datu tersebut diberi nama ''Basuki'' yang berarti selamat dan ditempat itu pula didirikan Pura yang diberi nama ''Pura Basukihan''. Sedangkan bila dilihat dari sumber–sumber tertulis seperti '''Prasasti Penataran Besakih''' berangka tahun saka 1366 (1444M) yang disimpan di Gedong Penyimpanan Pura Penataran Agung Besakih menyebutkan antara lain ''Desa Ulun Dang ring Basuki'' dan ''Desa Ing Basuki''. '''Prasasti Batumadeg''' yang disimpan digedong Saraswati Merajan Selonding Besakih ada menyebutkan ''Anglurah Mangku Basuki''. '''Prasasti Pura Gaduh Sakti''' di Desa Selat ada menyebutkan Ring Bhatara Gunung Basuki. Dari uraian tersebut diatas kiranya dapat disimpulkan bahwa nama Besakih berasal dari kata Basuki yang berarti Selamat di mana dari kata Basuki menjadi Basukih dan lanjut menjadi Besakih.<ref>[http://nurjaya.webs.com/ASAL%20-%20USUL%20DESA%20BESAKIH.pdf Asal Usul Desa Besakih]</ref>
