Honda Supra X yang merupakan ''redesign'' dari Supra X 100, juga menggunakan mesin karburator dan mesin injeksi PGM-FIinjection ditingkatkan menjadi 125cc. Honda Supra X 125 dan Honda Supra X 125 PGM-FIInjection yang sebelum Facelift Headlight dirilis pada tahun 2005 dan yang sesudah Facelift Headlight dirilis pada tahun 2007. Pada tanggal 1 Juli 2011, Honda Supra X 125 PGM-FIInjection sudah tidak diproduksi lagi digantikan dengan Honda Supra X Helm-In. Facelift tail light dari Honda Supra X 125 yang akan ditetapkan dari tahun 2005-2014 dan Facelift tail light dari Honda Supra X 125 PGM-FIInjection yang akan ditetapkan dari tahun 2005-2011.
=== Generasi terakhir (2014-sekarang) ===
[[Berkas:Honda Supra X 125 FI - Jakarta Fair 2016 - June 21 2016 03.jpg|jmpl|ka|Honda Supra X 125 FI (2016)]]
Pada tanggal 26 Februari 2014, Facelift dari generasi terakhir Honda Supra X 125 FI versi non helm-in, yang sebelumnya Honda Supra X 125 generasi kedua mempunyai desain bodi total baru menggunakan mesin 125cc teknologi PGM-FI . Motor ini memiliki fitur lampu belakang yang sudah LED dan bagasi yang dilengkapi dengan charger handphone. Sedangkan untuk tenaga maksimal yang bisa dihasilkannya mencapai 10.1 PS pada 8.000 rpm dan torsi 9.3 Nm pada 4.000 rpm. Honda juga memberikan bagasi dengan kapasitas 7 Liter serta lampu dual keen eyes dengan lampu senja ganda.
