Pada tahun 2003, saat berpangkat sebagai letnanLetnan kolonelKolonel, Hartomo divonis selama 3 tahun 6 bulan penjara dan dipecat atas keterlibatannya memberikan instruksi pembunuhan terhadap [[Theys Hiyo Eluay|Theys Eluay]]. Theys merupakan pimpinan dewan adat Papua yang ditemukan tewas pada tahun 2001 dalam perjalanan pulang setelah melakukan kunjungan ke markas Kopassus.<ref>{{Cite news|url=https://nasional.tempo.co/read/806134/terlibat-bunuh-theys-dan-dipecat-hartomo-kini-jadi-kabais|title=Terlibat Bunuh Theys dan Dipecat, Hartomo Kini Jadi Kabais|last=Hasugian|first=Maria Rita|date=2016-09-21|newspaper=Tempo|language=id-ID|access-date=2018-02-02}}</ref>
