Pada bulan Oktober 2009 Presiden Susilo Bambang Yudhoyono secara resmi melantik menteri Kabinet Bersatu II.<ref name=setneg>{{cite news|url=http://www.setneg.go.id/index.php?option=com_content&task=view&id=4087|title= Setneg: Presiden Lantik Menteri Kabinet Indonesia Bersatu Periode 2009-2014|date=22 Oktober 2009|publisher=Hubungan Masyarakat Kementerian Sekretariat Negara Republik Indonesia|accessdate=22 Oktober 2009}}</ref> [[Endang Rahayu Sedyaningsih]] ditunjuk sebagai pengganti Siti Fadilah sebagai Menteri Kesehatan yang baru.<ref name=Vivabola>{{cite news|url=http://m.bola.viva.co.id/news/read/99195-endang_dilantik__siti_fadilah_absen|title= Endang Dilantik, Siti Fadilah Absen|author=Umi Kalsum, Nur Farida Ahniar, Muhammad Hasits|date=22 Oktober 2009|accessdate=22 Oktober 2009|publisher=Viva News}}</ref>
=== Kontroversi Tersangka Korupsi Proyek Alat Kesehatan 2005 ===
Mantan Menteri Kesehatan Siti Fadilah menjadi tersangka kasus dugaan korupsi pada bulan April 2012 atas proyek pengadaan alat kesehatan untuk kejadian luar biasa tahun 2005 senilai 15 Miliar Rupiah dengan perkiraan kerugian negara sebesar 6 Miliar Rupiah.<ref name=Kompas3>{{cite news|url=http://nasional.kompas.com/read/2012/04/17/12133242/Siti.Fadilah.Resmi.Tersangka.Kasus.Korupsi|publisher= Kompas Nasional|title= Siti Fadilah Resmi Tersangka Kasus Korupsi|date=17 April 2012|accessdate=17 April 2012|author=Maria Natalia}}</ref><ref name=Kompas4>{{cite news|url=http://nasional.kompas.com/read/2012/11/20/18170836/Berkas.Siti.Fadillah.Masih.BolakBalik.PolriKejaksaan|publisher= Kompas Nasional|title= Berkas Siti Fadillah Masih Bolak-Balik Polri-Kejaksaan|date=20 November 2012|accessdate=20 November 2012|author=Dian Maharani}}</ref>
Ketua Umum DPP Partai Amanat Nasional (PAN), Zulkifli Hasan, meragukan adanya aliran uang dari kasus dugaan korupsi pengadaan alat kesehatan (Alkes) oleh tersangka Siti Fadilah ke koleganya di partai matahari terbit, Soetrisno Bachir dan Amien Rais.<ref>{{Cite news|url=http://rilis.id/sebut-siti-miskin-pan-ragu-ada-aliran-uang-alkes-ke-soetrisno-dan-amien.html|title=Sebut Siti Miskin, PAN Ragu Ada Aliran Uang Alkes ke Soetrisno dan Amien|last=Indonesia|first=PT Rilis Multimedia|newspaper=RILIS.ID|language=id-ID|access-date=2017-06-08}}</ref>
