JalurSebelumnya inipada ditutupmasa pendudukan [[Jepang]] (1942/1943), segmen Gendingbaru–Paiton dibongkar guna kepentingan militer. Pasca kemerdekaan, [[PT Kereta Api Indonesia|DKARI]] melakukan renovasi pada erasegmen PNKAtersebut sehingga dapat beroperasi penuh hingga Paiton, namun jalur ini sepenuhnya ditutup pada sekitar tahun 1960 dikarenakan sebagian segmen jalur berdampinganyang sebagian besar bersisihan dengan [[Jalan Pantura]] petak Probolinggo-Situbondo serta kalah bersaing dengan alat transportasi yang lebih modern. Bekas rel dan beberapa stasiun masih dapat dijumpai di sepanjang jalan raya Probolinggo-Paiton. Sebagian aset yang berhubungan masih dikuasai oleh PT Kereta Api Indonesia.<ref>{{cite magazine |last= |first=Widoyoko |date=12 Juli 2007 |title=Masa Penjajahan Jepang Ratusan Kilimeter Rel Lenyap |url= |magazine=Majalah KA |location=Depok |publisher=PT Ilalang Sakti Komunikasi |access-date=}}</ref>
