Saat reformasi terjadi pada tahun 1998-1999, iaHamdan bersama sejumlah rekannya di Forum Ukuwah Islamiyah (FUI) mendirikan partai baru, [[Partai Bulan Bintang]] (PBB), dan ditunjuk sebagai Wakilwakil Sekretarissekretaris Jendraljenderal.{{sfn|Profil Hakim Mahkamah Konsistusi}} Di Pemilihan Umum 1999, ia ikut dalam pemilihan calon anggota legislatif dan akhirnya terpilih sebagai anggota [[DPR]] mewakili daerah kelahirannya, [[Provinsi Nusa Tenggara Barat]].{{sfn|Profil Hakim Mahkamah Konsistusi}} Berkat pengalaman organisasinya, ia juga dipercaya menjadi Sekretaris Fraksi PBB di DPR dan kemudian duduk di badan Musyawarah (Bamus) DPR, sekaligus menjadi Wakil Ketua Komisi II DPR bidang Hukum dan Politik.{{sfn|Profil Hakim Mahkamah Konsistusi}}
Posisinya di DPR tersebut menjadikannya terlibat langsung merumuskan berbagai kebijakan negara yang penting dan strategis, termasuk pemilihan calon presiden dan wakil presiden serta proses pemakzulan presiden.{{sfn|Profil Hakim Mahkamah Konsistusi}} Pada periode 1999--2002, Hamdan menjadi satu-satunya wakil Fraksi PBB di Panitia Ad Hoc (PAH) I MPR yang membidani perubahan [[Undang-Undang Dasar 1945]].{{sfn|Profil Hakim Mahkamah Konsistusi}} Ia juga menjadi salah satu tokoh yang turut melahirkan MK lewat perannya sebagai anggota Panitia Khusus penyusunPenyusun Rancangan Undang-Undang MK.{{sfn|Profil Hakim Mahkamah Konsistusi}} Dalam posisi ini, ia terlibat langsung merumuskan berbagai hal mengenai MK, baik organisasi maupun hukum beracara di MK.{{sfn|Profil Hakim Mahkamah Konsistusi}} Ia juga terlibat sebagai salah satu anggota DPR yang terlibat dalam uji kelayakan dan kepatutan calon Hakimhakim Konstitusikonstitusi periode pertama dari unsur DPR.{{sfn|Profil Hakim Mahkamah Konsistusi}}
