Pada tanggal [[15 April]] [[2006]] pukul 02.10 [[Waktu Indonesia Barat|WIB]], [[kereta api Sembrani|KA Sembrani]] yang ditarik CC 201203 39 dan [[kereta api Kertajaya|Kertajaya]] yang ditarik CC 201 135R bertabrakan di [[emplasemen]] Stasiun Gubug. Kecelakaan itu terjadi ketika KA Kertajaya meninggalkan jalur kereta api sebelum waktunya saat hendak disusul KA Sembrani yang datang dari arah belakang. Hal itu disebabkan oleh kerusakan pemindah kanal radio lokomotif KA Kertajaya sehingga kabar penyusulan KA Kertajaya oleh KA Sembrani dari [[PPKA]] kepada masinis KA Kertajaya tidak tersampaikan dan banyaknya penumpang dalam kabin masinis. Dalam musibah tersebut, 13 orang meninggal dunia dan 26 lainnya masuk [[rumah sakit]].<ref name=PLH>[http://news.liputan6.com/read/121176/kecelakaan-diduga-akibat-kesalahan-pemberangkatan-kereta Liputan 6 - Kecelakaan Diduga Akibat Kesalahan Pemberangkatan Kereta]</ref>
