Honda Supra X merupakan ''redesign'' dari Supra X 100, juga menggunakan mesin karburator dan mesin injeksi ditingkatkan menjadi 125cc., yang dinamai Honda Supra X 125 dan Honda Supra X 125 PGM-FI. Facelift tail light dari Honda Supra X 125 yang akan ditetapkan sejak tahun 2005-2014.
== Generasi Ketiga (2011-2018) ==
Pada tanggal 11 Mei 2011, Facelift dari Honda Supra X generasi kedua dengan penambahan fitur helm-in bersama [[Honda Spacy]] di [[Jakarta Convention Center]].
Honda Supra X 125 Helm-in diperkenalkan pada tanggal 13 Mei 2011, secara bersamaan dengan [[Honda Spacy]] Helm-in. Untuk menggantikan Facelift tail light dari Honda Supra X 125 PGM-FI yang akan ditetapkan sejak tahun 2005-2011. Facelift dari Honda Supra X generasi kedua dan generasi keempat dengan penambahan fitur helm-in. Honda Supra X 125 Helm-in memberikan bagasi dengan kapasitas 19,5 liter. Pada tanggal 14 Mei 2018, Honda Supra X 125 Helm-in PGM-FI dan [[Honda Spacy]] Helm-in PGM-FI sudah tidak diproduksi lagi dan digantikan oleh [[Honda PCX]] dengan penambahan fitur Kunci Smart Key System dan Lampu Penerangan Utama LED.
== Generasi keempat (2014-sekarang) ==
[[Berkas:Honda Supra X 125 FI - Jakarta Fair 2016 - June 21 2016 03.jpg|jmpl|ka|Honda Supra X 125 FI (2016)]]
Pada tanggal 1926 Februari 2014, Facelift dari generasi ketiga Honda Supra X 125 FI versi non helm-in, mempunyai desain bodi total baru menggunakan mesin 125cc teknologi PGM-FI. Motor ini memiliki fitur lampu belakang yang sudah LED dan bagasi yang dilengkapi dengan charger handphone. Sedangkan untuk tenaga maksimal yang bisa dihasilkannya mencapai 10.1 PS pada 8.000 rpm dan torsi 9.3 Nm pada 4.000 rpm. Honda Supra X 125 FI memberikan bagasi dengan kapasitas 7 Liter serta lampu dual keen eyes dengan lampu senja ganda.
