Pseudogen: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
Tidak ada ringkasan suntingan Tag: Suntingan visualeditor-wikitext |
Tidak ada ringkasan suntingan Tag: Suntingan visualeditor-wikitext |
||
Baris 49:
Melalui analisis ulang tahun 2016, ditemukan lebih dari 50 juta [[peptida]] yang dihasilkan dari [[proteome]] manusia dan dipisahkan oleh [[spektrometri massa]]. Dengan kata lain, terdapat sekitar 19.262 [[protein]] manusia yang dihasilkan dari 16.271 gen atau kelompok gen. Dan dari penelitian itu, telah diidentifikasi ada 8 gen pengkode protein baru pada gen manusia.<ref name= "Wright_2016">{{cite journal |vauthors= Wright JC, Mudge J, Weisser H, Barzine MP, Gonzalez JM, Brazma A, Choudhary JS, Harrow J |title= Improving GENCODE reference gene annotation using a high-stringency proteogenomics workflow |journal= Nature Communications |volume= 7 |issue= |pages= 11778 |date= June 2016 |pmid= 27250503 |pmc= 4895710 |doi= 10.1038/ncomms11778|bibcode= 2016NatCo...711778W }}</ref>
==Contoh fungsi pseudegon==
'''''Drosophila'' glutamate receptor'''. Istilah "pseudogen"-semu" diciptakan untuk gen yang mengkode kemosensori [[reseptor glutamat ionotropik]] Ir75a dari '' [[Drosophila sechellia]] '', yang mengandung kodon terminasi dini ([[Bahasa Inggris|Inggris]]: ''premature termination codon'' atau PTC) dan dengan demikian diklasifikasikan sebagai pseudogen. Namun, lokus Ir75a akan menghasilkan reseptor fungsional, karena adanya translasi pembacaan PTC. Pembacaan ini hanya akan terdeteksi di [[neuron]] dan bergantung pada urutan nukleotida di hilir PTC.<ref name="Prieto-Godino_2016" />
'''siRNAs'''. Beberapa [[siRNA]] endogen sepertinya diturunkan dari pseudogen, sehingga beberapa pseudogen memiliki peran mengatur transkrip pengkode protein, seperti yang telah ditinjau.<ref>{{cite book |vauthors= Chan WL, Chang JG |title= Pseudogenes |chapter= Pseudogene-derived endogenous siRNAs and their function |series= Methods in Molecular Biology |volume= 1167 |pages= 227–39 |date= 2014 |pmid= 24823781 |doi= 10.1007/978-1-4939-0835-6_15|isbn= 978-1-4939-0834-9 }}</ref> Salah satu contoh diantaranya ialah psiPPM1K. Pemrosesan RNA yang ditranskripsi dari psiPPM1K akan menghasilkan siRNA yang dapat bertindak untuk menekan jenis [[kanker hati]], [[Karsinoma hepatoseluler]].<ref>{{cite journal |vauthors= Chan WL, Yuo CY, Yang WK, Hung SY, Chang YS, Chiu CC, Yeh KT, Huang HD, Chang JG |title= Transcribed pseudogene ψPPM1K generates endogenous siRNA to suppress oncogenic cell growth in hepatocellular carcinoma |journal= Nucleic Acids Research |volume= 41 |issue= 6 |pages= 3734–47 |date= April 2013 |pmid= 23376929 |doi= 10.1093/nar/gkt047 |pmc=3616710}}</ref>
==Pseudogen salah identifikasi ==
Terkadang gen dianggap sebagai pseudogen, berdasarkan analisis bioinformatis, tetapi kemudian akan berubah menjadi gen fungsional. Salah satu contoh ialah gen '''''Drosophila'' jingwei'''<ref>{{cite journal |vauthors= Jeffs P, Ashburner M |title= Processed pseudogenes in Drosophila |journal= Proceedings: Biological Sciences |volume= 244 |issue= 1310 |pages= 151–9 |date= May 1991 |pmid= 1679549 |doi= 10.1098/rspb.1991.0064|s2cid= 1665885 }}</ref><ref>{{cite journal |vauthors= Wang W, Zhang J, Alvarez C, Llopart A, Long M |title= The origin of the Jingwei gene and the complex modular structure of its parental gene, yellow emperor, in Drosophila melanogaster |journal= Molecular Biology and Evolution |volume= 17 |issue= 9 |pages= 1294–301 |date= September 2000 |pmid= 10958846 |doi=10.1093/oxfordjournals.molbev.a026413|doi-access= free }}</ref> yang mengkode enzim fungsional [[alcohol dehydrogenase]] ''in vivo''.<ref name="pmid7682012">{{cite journal |vauthors= Long M, Langley CH |title= Natural selection and the origin of jingwei, a chimeric processed functional gene in Drosophila |journal= Science |volume= 260 |issue= 5104 |pages= 91–5 |date= April 1993 |pmid= 7682012 |doi= 10.1126/science.7682012 |bibcode= 1993Sci...260...91L}}</ref>
Contoh lain ialah pengkodean gen manusia '''mutase fosfogliserat'''<ref>{{cite journal |vauthors= Dierick HA, Mercer JF, Glover TW |title= A phosphoglycerate mutase brain isoform (PGAM 1) pseudogene is localized within the human Menkes disease gene (ATP7 A) |journal= Gene |volume= 198 |issue= 1–2 |pages= 37–41 |date= October 1997 |pmid= 9370262 |doi=10.1016/s0378-1119(97)00289-8}}</ref> yang sering dianggap sebagai pseudogen, ternyata merupakan gen fungsional,<ref name="Betrán_2002">{{cite journal |vauthors= Betrán E, Wang W, Jin L, Long M |title= Evolution of the phosphoglycerate mutase processed gene in human and chimpanzee revealing the origin of a new primate gene |journal= Molecular Biology and Evolution |volume= 19 |issue= 5 |pages= 654–63 |date= May 2002 |pmid= 11961099 |doi= 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004124|doi-access= free }}</ref> sekarang disebut gen PGAM4. Mutasi di dalamnya akan menyebabkan kemandulan.<ref>{{cite journal |vauthors= Okuda H, Tsujimura A, Irie S, Yamamoto K, Fukuhara S, Matsuoka Y, Takao T, Miyagawa Y, Nonomura N, Wada M, Tanaka H |title= A single nucleotide polymorphism within the novel sex-linked testis-specific retrotransposed PGAM4 gene influences human male fertility |journal= PLOS ONE |volume= 7 |issue= 5 |pages= e35195 |date= 2012 |pmid= 22590500 |doi= 10.1371/journal.pone.0035195 |pmc=3348931|bibcode= 2012PLoSO...735195O }}</ref>
== Referensi ==
| |||