=== Jalur layang dan masa depan (1992-sekarang) ===
Pada Februari 1988, bersamaan dengan pembangunan jalur layang Jakarta Kota–Manggarai, stasiun inilama mulaiberlanggam direnovasi''art besar-besarandeco'' denganyang menggantidibangun bangunandi lamajaman Belanda dibongkar dan diganti dengan bangunan baru yang masih ada hingga saat ini. Majalah ''[[Tempo (majalah)|Tempo]]'' edisi 13 Juni 1992 sempat mencatatkan peristiwa peresmian jalur layang segmen [[Stasiun Manggarai|Manggarai]]-[[Stasiun Jakarta Kota|Jakarta Kota]]. Pada tanggal 5 Juni 1992, [[Presiden Indonesia|Presiden]] [[Soeharto]] beserta [[Siti Hartinah|Ibu Tien]] dan jajaran di pemerintahan meresmikan Stasiun Gambir yang baru dengan naik KRL dari Gambir menuju Stasiun Jakarta Kota.<ref>{{cite web|title=Setelah 22 Tahun, Proyek Jalur Layang Kereta Jakarta Dilanjutkan
