Fadel Muhammad ditetapkan sebagai tersangka dalam kasus penggunaan dana sisa lebih anggaran (Silpa) APBD Provinsi Gorontalo sebesar Rp 5,4 miliar pada 2001. Dia disangka telah melakukan perbuatan melanggar hukum karena menggunakan dana sisa anggaran daerah itu, tanpa ada payung hukum yang kuat. Dana tersebut dibagikan pada 45 anggota DPRD Provinsi Gorontalo.<ref>https://www.liputan6.com/bisnis/read/4417279/selain-edhy-prabowo-ini-deretan-menteri-kkp-yang-tersandung-korupsi</ref>
