Saccharomyces cerevisiae: Perbedaan antara revisi

Konten dihapus Konten ditambahkan
Tidak ada ringkasan suntingan
Tidak ada ringkasan suntingan
Baris 16:
'''''Saccharomyces cerevisiae''''' merupakan spesies khamir (mikroorganisme jamur bersel tunggal). Spesies khamir ini berperan penting dalam pembuatan minuman anggur, kue, dan bir sejak zaman kuno. Spesies ini diyakini awalnya diisolasi dari kulit anggur. ''S. cerevisiae'' adalah salah satu organisme model eukariotik yang paling banyak dipelajari dalam biologi molekuler dan sel, layaknya ''Escherichia coli'' sebagai bakteri model. ''S. cerevisiae'' adalah mikroorganisme yang berperan pada berbagai jenis fermentasi yang umum. Sel ''S. cerevisiae'' berbentuk bulat hingga oval dengan diameter 5–10 μm. ''S. cerevisiae'' bereproduksi dengan tunas ''(budding)''.<ref>{{Cite book|last=Feldmann, Horst (Cytologist)|date=2010|url=https://www.worldcat.org/oclc/489629727|title=Yeast : molecular and cell biology|location=Weinheim|publisher=Wiley-VCH|isbn=978-3-527-32609-9|oclc=489629727}}</ref>
 
Banyak protein penting dalam sistem biologis manusia ditemukan pertama kali pada ragi ketika dipelajari homolognya; protein tersebut antara lain protein siklus sel ''(cell cyle proteins''), protein pensinyalan ''(signaling proteins)'', dan enzim pemrosesan protein. ''S. cerevisiae'' saat ini adalah satu-satunya sel ragi yang diketahui memiliki badan Berkeley ''(Berkeley bodies)'', yang terlibat dalam jalur sekretori tertentu. Antibodi terhadap ''S. cerevisiae'' ditemukan pada 60-70% pasien dengan penyakit Crohn ''(Crohn's disease)'' dan 10-15% pasien dengan kolitis ulserativa (dan 8% ditemukan pada kontrol sehat).<ref>{{Cite journal|last=WALKER|first=L. J.|last2=ALDHOUS|first2=M. C.|last3=DRUMMOND|first3=H. E.|last4=SMITH|first4=B. R. K.|last5=NIMMO|first5=E. R.|last6=ARNOTT|first6=I. D. R.|last7=SATSANGI|first7=J.|date=2004-03|title=Anti-Saccharomyces cerevisiae antibodies (ASCA) in Crohn's disease are associated with disease severity but not NOD2/CARD15 mutations|url=http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2249.2003.02392.x|journal=Clinical and Experimental Immunology|volume=135|issue=3|pages=490–496|doi=10.1111/j.1365-2249.2003.02392.x|issn=0009-9104}}</ref> ''S. ccerevisiae'' diketahui berperan pada karakteristikpemberian bau roti, akibat keberadaan prolin dan ornithine di dalam ragi. Kedua senyawa tersebut merupakan prekursor dari 2-Acetyl-1-pyrroline, suatu zat yang memberikan bau khas pada roti.<ref>{{Cite journal|last=Struyf|first=Nore|last2=Van der  Maelen|first2=Eva|last3=Hemdane|first3=Sami|last4=Verspreet|first4=Joran|last5=Verstrepen|first5=Kevin J.|last6=Courtin|first6=Christophe M.|date=2017-07-28|title=Bread Dough and Baker's Yeast: An Uplifting Synergy|url=http://dx.doi.org/10.1111/1541-4337.12282|journal=Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety|volume=16|issue=5|pages=850–867|doi=10.1111/1541-4337.12282|issn=1541-4337}}</ref>
 
== Etimologi ==
"Saccharomyces" berasal dari bahasa Yunani Latin yang berarti "jamur gula", ''saccharon'' (σάκχαρον) berarti "gula" dan ''myces'' (μύκης) berarti "jamur".<ref>{{Cite journal|date=2018-02-06|title=Charlton or Cherleton, Lewis (d 1369)|url=http://dx.doi.org/10.1093/odnb/9780192683120.013.5166|journal=Oxford Dictionary of National Biography|publisher=Oxford University Press}}</ref><ref>{{Cite journal|last=J.|first=J.|last2=Robert-Scott|last3=Liddell|first3=Henry George|last4=Jones|first4=Henry Stuart|date=1940|title=A Greek-English Lexicon|url=http://dx.doi.org/10.2307/4341055|journal=The Classical Weekly|volume=34|issue=8|pages=86|doi=10.2307/4341055|issn=1940-641X}}</ref> ''cerevisiae'' berasal dari bahasa Latin yang berarti "bir".<ref>{{Cite journal|date=2018-02-06|title=Charlton or Cherleton, Lewis (d 1369)|url=http://dx.doi.org/10.1093/odnb/9780192683120.013.5166|journal=Oxford Dictionary of National Biography|publisher=Oxford University Press}}</ref>
 
== Biologi ==
Baris 53:
Sitokinesis memungkinkan tunas ragi ''Saccharomyces cerevisiae'' membelah menjadi dua sel anak. ''S. cerevisiae'' akan membentuk kuncup yang dapat tumbuh sepanjang siklus selnya dan kemudian meninggalkan sel induknya saat mitosis telah selesai.
 
==== TimingFase ====
Pada kasus sel umumnya, fase M tidak terjadi sampai fase S selesai. Namun, kasus mitosis pada ''S. cerevisiae'' tidak demikian. Sitokinesis dimulai dengan proses pertunasan di G1 akhir dan tidak selesai sampai sekitar setengah siklus berikutnya. Perakitan spindel dapat terjadi sebelum fase S telah selesai menggandakan kromosom. Selain itu, ada kekurangan identifikasi G2 di antara M dan S. Jadi, ada kekurangan regulasi ekstensif jika dibandingkan dengan eukariota yang lebih tinggi.
 
Baris 126:
==== Contoh: ====
 
* YBR134C (aliasbisa disebut SUP45 encoding eRF1, faktor terminasi terjemahan) terletak di lengan kanan kromosom 2 dan merupakan ''open reading frame'' (ORF) ke-134 di lengan itu, dimulaiketika dihitung dari sentromer. Urutan pengkodean ada pada untai Crick dari DNA.
* YDL102W (aliasbisai disebut POL3 yang menyandikanmengkodekan subunit DNA polimerase delta) terletak di lengan kiri kromosom 4;, ini adalah ORF 102 dari sentromer dan kode dari untai Watson di DNA.
 
=== Interaksi serta fungsi gen ===
Ketersediaan sekuens genom ''S. cerevisiae'' dan satu set mutan delesi yang meliputi 90% genom ragi semakin meningkatkan kekuatankemampuan ''S. cerevisiae'' sebagai model untuk memahami regulasi sel eukariotik. Sebuah proyek yang sedang berlangsung untuk menganalisis interaksi genetik dari semua mutan penghapusan''double-deletion gandamutant'' melalui analisis susunan genetik sintetis ''(synthetic genetic array)'' akan membawa penelitian ini selangkah lebih maju. Tujuannya adalah untuk membentuk peta fungsional dari proses sel.
 
Pada tahun 2010, model interaksi genetik yang paling komprehensif belumakan dibangun, yang berisi "profil interaksi untuk ~ 75% dari semua gen dalam ragi bertunas (''Budding)''". Model ini dibuat dari 5,4 juta perbandingan''two-gene dua gencomparisons'' dimana dilakukan knockout gen ganda untuk setiap kombinasi gen yang dipelajari. Pengaruh knockout ganda terhadap kebugaran sel dibandingkan dengan kebugaran yang diharapkan. Kecocokan yang diharapkan ditentukan dari jumlah hasil kecocokan gen tunggal knockout untuk setiap gen yang dibandingkan. Ketika ada perubahan kesesuaian dari yang diharapkan, gen dianggap berinteraksi satu sama lain. Ini diuji dengan membandingkan hasil dengan apa yang diketahui sebelumnya. Misalnya, gen Par32, Ecm30, dan Ubp15 memiliki profil interaksi serupa dengan gen yang terlibat dalam proses seluler modul penyortiran Gap1. Konsisten dengan hasil, gen-gen ini, ketika disingkirkan, mengganggu proses itu, menegaskan bahwa mereka adalah bagian darinya.
 
Dari sini, 170.000 interaksi gen ditemukan dan gen dengan pola interaksi serupa dikelompokkan bersama. Gen dengan profil interaksi genetik yang serupa cenderung menjadi bagian dari jalur atau proses biologis yang sama. Informasi ini digunakan untuk membangun jaringan global interaksi gen yang diatur oleh fungsi. Jaringan ini dapat digunakan untuk memprediksi fungsi dari gen yang tidak berkarakter berdasarkan fungsi dari gen yang dikelompokkan.