Varian Alpha SARS-CoV-2: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
pengembangan artikel; penyebaran |
pengembangan artikel; sifat |
||
Baris 16:
Per Januari 2021, lebih dari setengah pengurutan gen SARS-CoV-2 dilakukan di Britania Raya.<ref>{{cite web |url=https://www.telegraph.co.uk/news/2021/01/26/uk-help-sequence-mutations-covid-around-world-find-dangerous/ |last=Donnelly |first=Laura |date=26 Januari 2021 |title=UK to help sequence mutations of Covid around world to find dangerous new variants |website=[[The Daily Telegraph|The Telegraph]] |access-date=28 Januari 2021}}</ref> Hal ini mempertanyakan tentang asal-usul varian dan kemungkinan varian penting lain yang tersebar di seluruh dunia.<ref>{{cite web |url=https://www.bbc.co.uk/news/health-55413666 |last=Schraer |first=Rachel |date=22 Desember 2020 |title=Covid: New variant found ‘due to hard work of UK scientists |work=BBC |access-date=30 Januari 2021}}</ref><ref>{{cite web |url=https://www.wsj.com/articles/how-the-u-k-became-world-leader-in-sequencing-the-coronavirusgenome-11612011601 |last=Sugden |first=Joanna |date=30 Januari 2021 |title=How the U.K. Became World Leader in Sequencing the Coronavirus Genome |work=[[The Wall Street Journal]] |url-access=subscription}}</ref>
Pada 2 Februari 2021, [[Kesehatan Masyarakat Inggris]] (PHE) melaporkan bahwa mereka telah menemukan dalam jumlah terbatas genom B.1.1.7 VOC-202012/01 dengan mutasi E484K<ref>{{cite report |url=https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/957504/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_5_England.pdf |title=Investigation of novel SARS-CoV-2 variant Variant of Concern 202012/01: Technical briefing 5 |date=2 Februari 2021 |publisher=[[Kesehatan Masyarakat Inggris|Public Health England]] |access-date=2 Februari 2021}}</ref> yang mereka sebut dengan Variant of Concern 202102/02 (VOC-202102/02).<ref>{{cite web |url=https://www.gov.uk/government/publications/covid-19-variants-genomically-confirmed-case-numbers/variants-distribution-of-cases-data |author=[[Kesehatan Masyarakat Inggris|Public Health England]] |date=16 Februari 2021|title=Variants: distribution of cases data |website=GOV.UK |access-date=17 Februari 2021 |language=en}}</ref> Mutasi ini juga ada di [[501.V2 Variant|varian Afrika Selatan]] dan [[Lineage P.1|Brazil]] dan dapat mengurangi keefektifan vaksin.<ref name="roberts2021">{{cite news |last=Roberts |first=Michelle |date=2 Februari 2021 |title=UK variant has mutated again, scientists say |website=BBC News |access-date=2 Februari 2021 |url= https://www.bbc.co.uk/news/health-55900625}}</ref>
== Nama ==
Varian ini dikenal dalam berbagai nama. Dalam laporan pemerintah Britania Raya dan media massa, ia disebut dengan ''UK COVID-19 variant'', ''UK coronavirus variant'', ''UK variant'',<ref>Untuk daftar lengkap sumber berita yang memakai istilah-istilah ini, lihat [[:en:Talk:U.K. Covid-19 variant|UK Covid-19 variant]], [[:en:Talk:U.K. Coronavirus variant|UK coronavirus variant]], dan [[:en:Talk:U.K. variant|UK variant]].</ref> atau (khususnya di luar Britania Raya) ''varian Britania Raya'' atau ''varian Inggris''. Ia terkadang disebut ''varian Kent'' karena ditemukan pertama kali di [[Kent]].<ref name="roberts2021"/><ref>{{cite news |last=Boseley |first=Sarah |date=10 Februari 2021 |title=Mutated Kent Covid variant must be taken seriously, warns UK scientist |website=The Guardian |access-date=10 Februari 2021 |url=https://www.theguardian.com/society/2021/feb/10/mutated-kent-covid-variant-must-be-taken-seriously-warns-uk-scientist}}</ref>
Dalam dunia ilmiah, varian ini diberi nama ''the first Variant Under Investigation in December 2020 (VUI – 202012/01)'' pada awalnya oleh Kesehatan Masyarakat Inggris (PHE),<ref>{{cite web |url=https://www.gov.uk/government/news/phe-investigating-a-novel-strain-of-covid-19 |title=PHE investigating a novel strain of COVID-19 |date=14 Desember 2020 |publisher=[[Kesehatan Masyarakat Inggris|Public Health England]]}}</ref>{{efn|Nama ini ditulis sebagai '''VUI 202012/01 (Variant Under Investigation, year 2020, month 12, variant 01)''' oleh [[GISAID]]<ref>{{cite web |url=https://www.gisaid.org/references/gisaid-in-the-news/uk-reports-new-variant-termed-vui-20201201/ |title=UK reports new variant, termed VUI 202012/01 |publisher=GISAID |access-date=20 Desember 2020}}</ref> dan [[Pusat Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Eropa|ECDC]].<ref>{{cite report |url=https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/SARS-CoV-2-variant-multiple-spike-protein-mutations-United-Kingdom.pdf |title=Threat Assessment Brief: Rapid increase of a SARS-CoV-2 variant with multiple spike protein mutations observed in the United Kingdom |date=20 Desember 2020 |publisher=European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC)}}</ref>}} tetapi diklasifikasikan ulang menjadi Variant of Concern (''Variant of Concern 202012/01'', disingkat ''VOC-202012/01'') oleh Meera Chand dan koleganya dalam laporan yang dipublikasikan oleh PHE pada 21 Desember 2020.<ref name="Chand2020">{{cite report |last1=Chand |first1=Meera |last2=Hopkins |first2=Susan |last3=Dabrera |first3=Gavin |last4=Achison |first4=Christina |last5=Barclay |first5=Wendy |last6=Ferguson |first6=Neil |last7=Volz |first7=Erik |last8=Loman |first8=Nick |last9=Rambaut |first9=Andrew |last10=Barrett |first10=Jeff |date=21 Desember 2020 |title=Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01 |publisher=[[Kesehatan Masyarakat Inggris|Public Health England]] |url=https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/947048/Technical_Briefing_VOC_SH_NJL2_SH2.pdf |access-date=23 Desember 2020}}</ref>{{efn|Perbedaan di antara keduanya dijelaskan oleh PHE, {{blockquote|SARS-CoV-2 variants, if considered to have concerning epidemiological, immunological, or pathogenic properties, are raised for formal investigation. At this point they are designated Variant Under Investigation (VUI) with a year, month, and number. Following a risk assessment with the relevant expert committee, they may be designated Variant of Concern (VOC).<ref>{{cite web |url=https://www.gov.uk/government/publications/covid-19-variants-genomically-confirmed-case-numbers/variants-distribution-of-cases-data#variant1 |title=Variants: distribution of cases data |date=28 Januari 2021 |at=Pada "Differences between a Variant of Concern and Varaint Under Investigation" |website=GOV.UK |access-date=19 Februari 2021}}</ref>}}}} Dalam laporan yang ditulis oleh Andrew Rambaut dkk. yang mewakili [[Konsorsium Britania Raya untuk Genom COVID-19]], dengan alat [[Pangolin (alat)|Pangolin]], varian ini disebut ''Lineage B.1.1.7'',<ref>{{cite report |author1=Rambaut, Andrew |author2=Loman, Nick |author3=Pybus, Oliver |author4=Barclay, Wendy |author5=Barrett, Jeff |author6=Carabelli, Alesandro |author7=Connor, Tom |author8=Peacock, Tom |author9=L. Robertson, David |author10=Vol, Erik |year=2020 |title=Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations |publisher=Written on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK |url=https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563 |access-date=20 Desember 2020}}</ref> sedangkan [[Nextstrain]] menyebutnya dengan ''20I/501Y.V1''.<ref>{{cite journal |last=Callaway |first=Ewen |date=15 Januari 2021 |title=‘A bloody mess’: Confusion reigns over naming of new COVID variants |journal=[[Nature|Nature News & Comment]] |doi-access=free |doi=10.1038/d41586-021-00097-w |url=https://www.nature.com/articles/d41586-021-00097-w |access-date=18 Januari 2021 |quote=... Emma Hodcroft, a molecular epidemiologist at the University of Bern, Switzerland, who is part of Nextstrain, the SARS-CoV-2 naming effort that called the ‘UK variant’ 20I/501Y.V1.}}</ref>
== Sifat ==
=== Genetika ===
{| class="wikitable mw-collapsible autocollapse" align="right" style="text-align: center;"
|+ {{nowrap|Mutasi pada VOC-202012/01{{break}}{{center|(perubahan asam aminonya saja)}} }}
! [[Gen]]
! [[Nukleotida]]
! [[Asam amino]]
|-
! rowspan="4" | [[Rangka baca terbuka|Rangka<br />baca<br />terbuka]]
| C3267T || T1001I
|-
| C5388A || A1708D
|-
| T6954C || I2230T
|-
| 11288–11296 dihapus || SGF 3675–3677 dihapus
|-
! rowspan="8"| [[Bulir (virus)|Bulir]]
| 21765–21770 dihapus || HV 69–70 dihapus
|-
| 21991–21993 dihapus || Y144 dihapus
|-
| A23063T || N501Y
|-
| C23271A || A570D
|-
| C23604A || P681H
|-
| C23709T || T716I
|-
| T24506G || S982A
|-
| G24914C || D1118H
|-
! rowspan="3" | ORF8
| C27972T || Q27stop
|-
| G28048T || R52I
|-
| A28111G || Y73C
|-
! rowspan="2" | [[Kapsid|N]]
| 28280 GAT→CTA || D3L
|-
| C28977T || S235F
|- style="text-align: left;" class="sortbottom"
| colspan="3" | Sumber: Chand dkk. (tabel{{nbsp}}1, hlm.{{nbsp}}5)
|- style="font-size: smaller; text-align: left;" class="sortbottom"
| colspan="3" | Catatan: N501Y berarti perubahan dari [[asparagina]] (N) menjadi<br />[[tirosina]] (Y) pada posisi [[asam amino]] 501.
|}
[[Mutasi]] pada [[Koronavirus sindrom pernapasan akut berat 2|SARS-CoV-2]] cukup sering: lebih dari empat ribu mutasi telah dideteksi hanya pada bulir proteinnya menurut [[Konsorsium Britania Raya untuk Genom COVID-19]].<ref>{{cite journal |last=Wise |first=Jacqui |date=16 Desember 2020 |title=Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK |journal=[[The BMJ]] |volume=371 |pages=m4857 |language=en |issn=1756-1833 |s2cid=229291003 |doi=10.1136/bmj.m4857 |doi-access=free |url=https://www.bmj.com/content/371/bmj.m4857}}</ref>
Varian ini terdiri dari 23 mutasi: 14 mutasi tak bersinonim, 3 mutasi hapus, dan 6 mutasi bersinonim,<ref name="Chand2020" /> yaitu 17 mutasi yang mengubah protein dan 6 mutasi yang tidak berdampak.<ref>{{cite news |last=Peacock |first=Sharon |author-link=Sharon Peacock |date=22 Desember 2020 |title=Here's what we know about the new variant of coronavirus |newspaper=[[The Guardian]] |url= https://www.theguardian.com/commentisfree/2020/dec/22/new-variant-coronavirus-genomic-sars-cov-2-pandemic}}</ref>
=== Mutasi E484K ===▼
▲==== Mutasi E484K ====
{{empty section|date=Maret 2021}}
=== Transmisi ===
{{
Perkiraan kemampuan penularan varian ini beragam. Dalam sebuah pracetak, [[London School of Hygiene & Tropical Medicine]] melaporkan bahwa varian ini 56% (50%–74%) lebih mudah menular daripada varian lain di antara tiga wilayah di Inggris ([[Inggris Timur]], [[Inggris Tenggara]], dan [[London Raya|London]]) pada Desember 2020,<ref>{{cite web |url=https://cmmid.github.io/topics/covid19/uk-novel-variant.html |title=Estimated transmissibility and severity of novel SARS-CoV-2 Variant of Concern 202012/01 in England |date=23 Desember 2020 |publisher=CMMID Repository |via=[[GitHub]] |access-date=24 Januari 2021}}<br />Dikutip dalam {{cite web |url=https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/COVID-19-risk-related-to-spread-of-new-SARS-CoV-2-variants-EU-EEA-first-update.pdf |author=[[Pusat Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Eropa]] (ECDC) |date=21 Januari 2021 |title=Risk related to the spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA – first update |location=Stockholm |publisher=ECDC |page=9 |access-date=24 Januari 2021}}</ref> sedangkan artikel yang telah [[Penelaahan sejawat|ditelaah sejawat]] menyimpulkan bahwa varian ini 75% (70%–80%) lebih menular di Britania Raya antara Oktober dan November 2020.<ref>{{cite journal |last1=Leung |first1=Kathy |last2=Shum |first2=Marcus HH |last3=Leung |first3=Gabriel M |last4=Lam |first4=Tommy TY |last5=Wu |first5=Joseph T |date=7 Januari 2021 |title=Early transmissibility assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020 |journal=[[Eurosurveillance]] |volume=26 |issue=1 |publisher=Pusat Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Eropa (ECDC) |issn=1560-7917 |doi=10.2807/1560-7917.es.2020.26.1.2002106 |doi-access=free}}<br />Dikutip dalam {{cite web |url=https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/COVID-19-risk-related-to-spread-of-new-SARS-CoV-2-variants-EU-EEA-first-update.pdf |author=[[Pusat Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Eropa]] (ECDC) |date=21 Januari 2021 |title=Risk related to the spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA – first update |location=Stockholm |publisher=ECDC |page=9 |access-date=24 Januari 2021}}</ref>
Salah satu perubahan penting pada varian ini adalah N501Y,<ref>{{cite journal |last=Wise |first=Jacqui |date=5 Februari 2021 |title=Covid-19: The E484K mutation and the risks it poses |journal=[[The BMJ]] |volume=372 |page=n359 |issn=1756-1833 |s2cid=231821685 |doi=10.1136/bmj.n359 |doi-access=free |url=https://www.bmj.com/content/372/bmj.n359}}</ref> yaitu perubahan dari [[asparagina]] (N) menjadi [[tirosina]] (Y) pada posisi [[asam amino]] 501.<ref>{{cite report |title=COG-UK update on SARS-CoV-2 Spike mutations of special interest: Report 1 |date=20 December 2020 |publisher=COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) |page=7 |url=https://www.cogconsortium.uk/wp-content/uploads/2020/12/Report-1_COG-UK_20-December-2020_SARS-CoV-2-Mutations_final_updated2.pdf |access-date=31 Desember 2020 |archive-url=https://web.archive.org/web/20201225050316/https://www.cogconsortium.uk/wp-content/uploads/2020/12/Report-1_COG-UK_20-December-2020_SARS-CoV-2-Mutations_final_updated2.pdf |archive-date=25 Desember 2020 |url-status=dead}}</ref> Mutasi ini diyakini dapat meningkatkan kemampuan virus untuk mengikat sel manusia.<ref name="Chand2020" />
== Penyebaran ==
Baris 37 ⟶ 90:
Kasus B.1.1.7 mungkin lebih rendah di kebanyakan negara karena pengujian yang dipakai tidak membedakan varian ini dengan varian SARS-CoV-2 lainnya, terlebih lagi banyak infeksi SARS-CoV-2 yang tidak terdeteksi sama sekali. Pengurutan RNA diperlukan untuk mendeteksi varian ini.<ref>{{cite web |url=https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/COVID-19-risk-related-to-spread-of-new-SARS-CoV-2-variants-EU-EEA.pdf |title=Risk related to spread of new SARSCoV-2 variants of concern in the EU/EEA |date=29 Desember 2020 |website=www.ecdc.europa.eu |access-date=1 Februari 2021}}</ref>
Pada tanggal 2 Maret 2021, [[Pandemi COVID-19 di Indonesia|Indonesia]] melaporkan kasus pertamanya untuk varian ini.<ref>{{cite news |title=Dua Kasus Mutasi Corona Asal Inggris Ditemukan di Indonesia |date=2 Maret 2021 |work=CNN Indonesia |url=https://www.cnnindonesia.com/nasional/20210302120516-20-612595/dua-kasus-mutasi-corona-asal-inggris-ditemukan-di-indonesia |access-date=2 Maret 2021}}</ref><ref>{{cite news |title=Wamenkes Laporkan 2 Kasus Pertama Mutasi Corona B117 di Indonesia |date=2 Maret 2021 |work=detikHealth |url=https://health.detik.com/berita-detikhealth/d-5477409/wamenkes-laporkan-2-kasus-pertama-mutasi-corona-b117-di-indonesia |access-date=2 Maret 2021}}</ref><ref>{{cite news |author=
== Catatan kaki ==
| |||