Nama ''nanggala'' berasal dari nama senjata tombak kuat milik [[Balarama|Prabu Baladewa]], seorang karakter dewa dalam kisah pewayangan.<ref>{{Cite web|last=Wisesa|first=Yosafat Diva Bayu|date=2021-04-22|title=Ternyata KRI Nanggala-402 mengandung petir dari kekuatan ilahi Baladewa dan bisa belah gunung|url=https://www.hops.id/ternyata-kri-nanggala-402-mengandung-petir-dari-kekuatan-ilahi-baladewa/|website=Hops|language=id|archive-url=https://archive.is/20210422123232/https://www.hops.id/ternyata-kri-nanggala-402-mengandung-petir-dari-kekuatan-ilahi-baladewa/|archive-date=22 April 2021|access-date=2021-04-22|url-status=live}}</ref><ref name="roots">{{Cite web|title=Shadow puppet, Prabu Baladewa|url=https://www.roots.gov.sg/Collection-Landing/listing/1071743|website=www.roots.gov.sg|archive-url=https://archive.is/20210422033118/https://www.roots.gov.sg/Collection-Landing/listing/1071743|archive-date=22 April 2021|access-date=2021-04-22|url-status=live}}</ref> Senjata tersebut digambarkan di lencana KRI Nanggala. Kapal selam ini juga dikenal sebagai Nanggala II untuk membedakannya dengan KRI Nanggala S-02, sebuah kapal selam lain yang usianya lebih tua.<ref name="Kompasdata">{{Cite news|date=12 July 1981|title="Nanggala II" diserahkan *Kapal selam RI buatan Jerman Barat diserahkan pada pemerintah Indonesia|url=http://www.kompasdata.id/Search/NewsDetail/19307535|work=Kompas|page=2|access-date=21 April 2021|url-status=live|url-access=subscription}}</ref>
