PrabuningratSetelah mula-mulawafatnya ditunjuk[[Sardjito|Prof. sebagaiDr. pemangkuSardjito]] jabatanpada rektor1970, [[UII]]masa setelahjabatannya wafatnyayang masih bersisa 3 tahun dilanjutkan oleh sebuah Presidium yang diketuai GBPH Prabuningrat sendiri dengan anggota [[SardjitoKasmat Bahoewinangoen|Prof. SardjitoRHA Kasmat Bahoewinangoen]] padadan 1970Brigjen. SelangH. 3Soetarto. tahunBaru sesudahnya, Prabuningrat terpilih menjadi rektor definitif danhingga kembali terpilih untuk dua3 periode berikutnya (1973-1978, 1978-1981, dan 1982-1986). Tetapi di periode terakhir, Prabuningrat hanya sempat menjabat beberapa bulan karenasebelum kemudian iameninggal wafatdunia.
Selama kepemimpinan Prabuningrat, kemajuan UII lebih terlihat terutamagiat dalam pembangunan sarana fisik sehingga UII berhasildan membangun gedung-gedungnya sendiri. Dalam bidang akademik, terlihat pula peningkatan status beberapa fakultas di lingkungan UII serta mulai digalakkannya pengangkatan dosen-dosen tetap. Pada masa Prabuningrat ini pulalah animo masyarakat untuk masuk UII memperlihatkan perkembangan yang sangat tajam.
NamanyaNama Prabuningrat diabadikan menjadi Gedung Rektorat [[Universitas Islam Indonesia]] yang diresmikan pada tanggal 7 September 2009<ref name=":0" />.