Matsuda lahir di [[Suginami, Tokyo]], [[Jepang]] pada tanggal 10 September 1995<ref>[{{Cite web |url=http://www.ken-on.co.jp/artist/matsuda.html |title=Shota Matsuda's Official Profile] |access-date=2015-07-07 |archive-date=2014-02-27 |archive-url=https://web.archive.org/web/20140227103332/http://www.ken-on.co.jp/artist/matsuda.html |dead-url=yes }}</ref> oleh [[Yusaku Matsuda]], seorang [[aktor]] yang merupakan keturunan [[Orang Korea di Jepang|Korea]] dan [[Miyuki Matsuda]] (née Kumagai). Matsuda adalah anak laki-laki kedua dan anak kedua yang lahir dari pernikahan orang tuanya. Ia memiliki seorang kakak laki-laki, [[Ryuhei Matsuda]] yang juga merupakan seorang [[aktor]] dan seorang adik perempuan dari pernikahan kedua orang tuanya. Ia memiliki seorang kakak perempuan tiri dari hasil pernikahan ayahnya yang pertama. Ayahnya meninggal pada tahun 1989, karena [[Kanker|kanker kandung kemih]] pada saat ia berusia 4 tahun.
Bibi Matsuda dari pihak ibu, Mami Kumagai, juga adalah seorang [[aktris]]. Kakak ipar Matsuda yang merupakan keturunan Rusia di Jepang adalah seorang model, Lina Ohta, yang menikah dengan kakaknya Ryuhei.
