Bakteri: Perbedaan antara revisi

 

== Klasifikasi ==

[[Berkas:Anillo_de_la_vida.png|jmpl|300x300px|[[Pohon filogenetik]] yang menunjukkan keanekaragaman bakteri dibandingkan organisme lainnya. Di gambar ini, bakteri dikelompokkan menjadi tiga supergrup: [[ultramikrobakteri]] [[Kelompok CPR|CPR]], [[Terrabacteria]], dan [[Gracilicutes]] menurut analisis genomik terbaru (2019).<ref>{{Cite journal|last=Zhu|first=Qiyun|last2=Mai|first2=Uyen|last3=Pfeiffer|first3=Wayne|last4=Janssen|first4=Stefan|last5=Asnicar|first5=Francesco|last6=Sanders|first6=Jon G.|last7=Belda-Ferre|first7=Pedro|last8=Al-Ghalith|first8=Gabriel A.|last9=Kopylova|first9=Evguenia|date=Desember 2019|title=Phylogenomics of 10,575 genomes reveals evolutionary proximity between domains Bacteria and Archaea|url=http://www.nature.com/articles/s41467-019-13443-4|journal=Nature Communications|volume=10|issue=1|pages=5477|doi=10.1038/s41467-019-13443-4|issn=2041-1723|pmc=PMC6889312|pmid=31792218}}</ref>]]

[[Taksonomi (biologi)|Taksonomi]] bertujuan menguraikan keanekaragaman spesies bakteri dengan cara memberi nama dan mengelompokkan bakteri berdasarkan kesamaan mereka. Bakteri dapat diklasifikasikan berdasarkan struktur sel, metabolisme sel, atau perbedaan komponen sel, seperti DNA, [[asam lemak]], [[pigmen]], [[antigen]], dan [[kuinon]].<ref name=":5" /> Meskipun metode ini memungkinkan identifikasi dan klasifikasi hingga [[Galur (genetika)|galur]] bakteri, tetapi perbedaan yang ditemukan masih tidak jelas, apakah mewakili variasi di antara spesies yang berbeda atau di antara galur pada spesies yang sama. Ketidakpastian ini disebabkan oleh kurangnya struktur pembeda pada sebagian besar bakteri serta adanya [[transfer gen horizontal]] di antara spesies yang tidak terkait.<ref>{{Cite journal|last=Boucher|first=Yan|last2=Douady|first2=Christophe J.|last3=Papke|first3=R. Thane|last4=Walsh|first4=David A.|last5=Boudreau|first5=Mary Ellen R.|last6=Nesbø|first6=Camilla L.|last7=Case|first7=Rebecca J.|last8=Doolittle|first8=W. Ford|date=Desember 2003|title=Lateral Gene Transfer and the Origins of Prokaryotic Groups|url=http://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev.genet.37.050503.084247|journal=Annual Review of Genetics|volume=37|issue=1|pages=283–328|doi=10.1146/annurev.genet.37.050503.084247|issn=0066-4197}}</ref> Akibat transfer gen horizontal, sejumlah bakteri yang berkerabat dekat dapat memiliki morfologi dan metabolisme yang sangat berbeda. Untuk mengatasi ketidakpastian ini, klasifikasi bakteri modern menggunakan [[filogenetika molekuler]], yang memakai teknik genetik seperti penentuan [[Kandungan GC|rasio]] [[sitosina]]-[[guanina]], hibridisasi genom-genom, serta pengurutan gen yang belum mengalami transfer gen horizontal secara ekstensif, seperti [[DNA ribosomal|gen rRNA]].<ref>{{Cite journal|last=Olsen|first=G.J.|last2=Woese|first2=C.R.|last3=Overbeek|first3=R.A.|date=1 Maret 1996|title=The winds of (evolutionary) change: Breathing new life into microbiology|url=http://www.osti.gov/servlets/purl/205047-xNbftD/webviewable/|journal=Journal of Bacteriology|volume=176|issue=1|pages=1–6|doi=10.2172/205047|pmc=205007|pmid=8282683}}</ref> Klasifikasi bakteri ditentukan oleh publikasi dalam ''International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology'' dan ''Bergey's Manual''.<ref>{{Cite web|title=International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology|url=https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem|website=Microbiology Research|access-date=27 Mei 2021}}</ref><ref>{{Cite web|title=Bergey's Manual Trust Publications|url=https://www.bergeys.org/publications/|website=Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria|access-date=27 Mei 2021}}</ref> [[Komite Internasional Sistematika Prokariota]] (ICSP) menetapkan aturan internasional mengenai penamaan bakteri, kategori taksonomi, dan peringkat mereka dalam [[Peraturan Internasional bagi Nomenklatur Prokariota]].<ref>{{Cite journal|last=Hedlund|first=Brian P.|last2=Dodsworth|first2=Jeremy A.|last3=Staley|first3=James T.|date=Juni 2015|title=The changing landscape of microbial biodiversity exploration and its implications for systematics|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0723202015000430|journal=Systematic and Applied Microbiology|volume=38|issue=4|pages=231–236|doi=10.1016/j.syapm.2015.03.003}}</ref>

 

[[Pewarnaan Gram]], yang dikembangkan pada tahun 1884 oleh [[Hans Christian Gram]], mengelompokkan bakteri berdasarkan struktur dinding selnya. Lapisan tebal peptidoglikan di dinding sel bakteri "Gram-positif" menunjukkan warna ungu, sedangkan dinding sel bakteri "Gram-negatif" yang tipis tampak merah muda. Dengan menggabungkan morfologi dan pewarnaan Gram, sebagian besar bakteri dapat diklasifikasikan sebagai salah satu dari empat kelompok: kokus Gram-positif, basil Gram-positif, kokus Gram-negatif, dan basil Gram-negatif. Sejumlah bakteri lebih baik diidentifikasi dengan pengecatan selain pewarnaan Gram, terutama ''[[Mycobacterium]]'' atau ''[[Nocardia]]'', yang menunjukkan sifat [[tahan asam]] pada [[Pewarnaan Ziehl-Neelsen|pewarnaan Ziehl–Neelsen]] atau pewarnaan serupa.<ref>{{Cite journal|last=Woods|first=G L|last2=Walker|first2=D H|date=Juli 1996|title=Detection of infection or infectious agents by use of cytologic and histologic stains.|url=http://cmr.asm.org/lookup/doi/10.1128/CMR.9.3.382|journal=Clinical Microbiology Reviews|volume=9|issue=3|pages=382–404|doi=10.1128/CMR.9.3.382|issn=0893-8512}}</ref> Bakteri lainnya mungkin perlu diidentifikasi dengan ditumbuhkan di media khusus, atau dengan teknik lain, seperti [[Serum darah|serologi]].<ref>{{Cite journal|last=Tang|first=Silin|last2=Orsi|first2=Renato H.|last3=Luo|first3=Hao|last4=Ge|first4=Chongtao|last5=Zhang|first5=Guangtao|last6=Baker|first6=Robert C.|last7=Stevenson|first7=Abigail|last8=Wiedmann|first8=Martin|date=12 Juli 2019|title=Assessment and Comparison of Molecular Subtyping and Characterization Methods for Salmonella|url=https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fmicb.2019.01591/full|journal=Frontiers in Microbiology|volume=10|pages=1591|doi=10.3389/fmicb.2019.01591|issn=1664-302X|pmc=PMC6639432|pmid=31354679}}</ref>

 

== Habitat ==