Bakteri: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
Tidak ada ringkasan suntingan Tag: VisualEditor Suntingan perangkat seluler Suntingan peramban seluler Suntingan seluler lanjutan |
|||
Baris 195:
== Klasifikasi ==
[[Berkas:Anillo_de_la_vida.png|jmpl|300x300px|[[Pohon filogenetik]] yang menunjukkan keanekaragaman bakteri dibandingkan organisme lainnya. Di gambar ini, bakteri dikelompokkan menjadi tiga supergrup: [[ultramikrobakteri]] [[Kelompok CPR|CPR]], [[Terrabacteria]], dan [[Gracilicutes]] menurut analisis genomik
[[Taksonomi (biologi)|Taksonomi]] bertujuan menguraikan keanekaragaman spesies bakteri dengan cara memberi nama dan mengelompokkan bakteri berdasarkan kesamaan mereka. Bakteri dapat diklasifikasikan berdasarkan struktur sel, metabolisme sel, atau perbedaan komponen
Pada awalnya, istilah "bakteri" digunakan untuk menyebut semua prokariota mikroskopis bersel tunggal. Namun, filogenetika molekuler menunjukkan bahwa prokariota terdiri dari dua [[Domain (biologi)|domain]] terpisah, yang awalnya disebut Eubacteria dan Archaebacteria, tetapi sekarang disebut Bacteria dan Archaea; keduanya berevolusi secara independen dari satu nenek moyang bersama.<ref name="Woese" /> Hubungan kekerabatan antara arkea dan eukariota lebih dekat dibandingkan antara mereka dengan bakteri. Kesemuanya, yaitu Bacteria, Archaea, dan Eukarya, membentuk [[sistem tiga domain]] yang saat ini menjadi sistem klasifikasi yang paling banyak digunakan.<ref>{{Cite journal|last=Gupta|first=Radhey S.|date=Januari 2000|title=The Natural Evolutionary Relationships among Prokaryotes|url=http://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/10408410091154219|journal=Critical Reviews in Microbiology|volume=26|issue=2|pages=111–131|doi=10.1080/10408410091154219|issn=1040-841X}}</ref> Namun, karena penerapan filogenetika molekuler masih relatif baru dan jumlah urutan genom yang diketahui meningkat dengan cepat, klasifikasi bakteri tetap menjadi bidang yang berubah dan berkembang.<ref>{{Cite journal|last=Rappé|first=Michael S.|last2=Giovannoni|first2=Stephen J.|date=Oktober 2003|title=The Uncultured Microbial Majority|url=http://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev.micro.57.030502.090759|journal=Annual Review of Microbiology|volume=57|issue=1|pages=369–394|doi=10.1146/annurev.micro.57.030502.090759|issn=0066-4227}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Doolittle|first=Russell F|date=Juni 2005|title=Evolutionary aspects of whole-genome biology|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0959440X05000801|journal=Current Opinion in Structural Biology|volume=15|issue=3|pages=248–253|doi=10.1016/j.sbi.2005.04.001}}</ref> Sebagai contoh, [[Thomas Cavalier-Smith|Cavalier-Smith]], ahli [[biologi evolusioner]], berpendapat bahwa arkea dan eukariota berevolusi dari bakteri Gram-positif.<ref>{{Cite journal|last=Cavalier-Smith|first=T|date=1 Januari 2002|title=The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification.|url=https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/00207713-52-1-7|journal=International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology|volume=52|issue=1|pages=7–76|doi=10.1099/00207713-52-1-7|issn=1466-5026}}</ref>
Baris 205:
[[Pewarnaan Gram]], yang dikembangkan pada tahun 1884 oleh [[Hans Christian Gram]], mengelompokkan bakteri berdasarkan struktur dinding selnya. Lapisan tebal peptidoglikan di dinding sel bakteri "Gram-positif" menunjukkan warna ungu, sedangkan dinding sel bakteri "Gram-negatif" yang tipis tampak merah muda. Dengan menggabungkan morfologi dan pewarnaan Gram, sebagian besar bakteri dapat diklasifikasikan sebagai salah satu dari empat kelompok: kokus Gram-positif, basil Gram-positif, kokus Gram-negatif, dan basil Gram-negatif. Sejumlah bakteri lebih baik diidentifikasi dengan pengecatan selain pewarnaan Gram, terutama ''[[Mycobacterium]]'' atau ''[[Nocardia]]'', yang menunjukkan sifat [[tahan asam]] pada [[Pewarnaan Ziehl-Neelsen|pewarnaan Ziehl–Neelsen]] atau pewarnaan serupa.<ref>{{Cite journal|last=Woods|first=G L|last2=Walker|first2=D H|date=Juli 1996|title=Detection of infection or infectious agents by use of cytologic and histologic stains.|url=http://cmr.asm.org/lookup/doi/10.1128/CMR.9.3.382|journal=Clinical Microbiology Reviews|volume=9|issue=3|pages=382–404|doi=10.1128/CMR.9.3.382|issn=0893-8512}}</ref> Bakteri lainnya mungkin perlu diidentifikasi dengan ditumbuhkan di media khusus, atau dengan teknik lain, seperti [[Serum darah|serologi]].<ref>{{Cite journal|last=Tang|first=Silin|last2=Orsi|first2=Renato H.|last3=Luo|first3=Hao|last4=Ge|first4=Chongtao|last5=Zhang|first5=Guangtao|last6=Baker|first6=Robert C.|last7=Stevenson|first7=Abigail|last8=Wiedmann|first8=Martin|date=12 Juli 2019|title=Assessment and Comparison of Molecular Subtyping and Characterization Methods for Salmonella|url=https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fmicb.2019.01591/full|journal=Frontiers in Microbiology|volume=10|pages=1591|doi=10.3389/fmicb.2019.01591|issn=1664-302X|pmc=PMC6639432|pmid=31354679}}</ref>
[[Kultur mikrobiologi|Kultur bakteri]] dirancang untuk mendorong pertumbuhan dan mengidentifikasi bakteri spesifik, sekaligus membatasi pertumbuhan bakteri lain dalam sampel. Jenis spesimen tertentu biasanya diperlakukan dengan teknik tertentu; misalnya, spesimen [[dahak]] akan ditangani untuk mengidentifikasi organisme penyebab [[pneumonia]], sedangkan spesimen [[feses]] dikultur pada [[media selektif]] yang dapat mengidentifikasi organisme penyebab [[diare]], sekaligus mencegah pertumbuhan bakteri nonpatogenik. Spesimen yang biasanya steril, seperti [[darah]], [[urine]], atau [[cairan serebrospinal]], dikultur dalam kondisi yang dirancang untuk menumbuhkan semua kemungkinan mikroorganisme.<ref name=":5" /><ref>{{Cite journal|last=Weinstein|first=Melvin P.|date=Maret 1994|title=Clinical Importance of Blood Cultures|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0272271218303901|journal=Clinics in Laboratory Medicine|volume=14|issue=1|pages=9–16|doi=10.1016/S0272-2712(18)30390-1}}</ref> Setelah bakteri patogenik berhasil diisolasi, mereka dapat dikarakterisasi lebih lanjut berdasarkan morfologi, pola pertumbuhan (seperti pertumbuhan aerobik atau anaerobik), pola [[Hemolisis (mikrobiologi)|hemolisis]], dan respons mereka terhadap pewarnaan.<ref>{{Cite journal|last=Riley|first=Lee W.|date=12 November 2018|title=Laboratory Methods in Molecular Epidemiology: Bacterial Infections *|url=http://www.asmscience.org/content/journal/microbiolspec/10.1128/microbiolspec.AME-0004-2018|journal=Microbiology Spectrum|volume=6|issue=6|doi=10.1128/microbiolspec.AME-0004-2018|issn=2165-0497}}</ref>
Seperti klasifikasi
=== Pohon filogenetika ===
|