== Jawa Timur ==
# [[Cagar Alam Gunung Abang|Cagar Alam GUNUNG ABANG]]; Pasuruan, 50,40 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 458/Kpts/ Um/7/78, 24 Juni 1978.
# [[Nusa Barung|Cagar Alam NUSANusa BARONGBarong]]; Jember, 6.100,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/ Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
# Cagar Alam PULAUPulau BAWEANBawean; Surabaya, 725,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 762/Kpts/Um/12/1979, 5 Desember 1979.
# Cagar Alam BESOWOBesowo GADUNGANGadungan; Kediri, 7,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/ Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
# Cagar Alam CEDINGCeding; Bondowoso, 2,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/ 1999, 15 Juni 1999.
# Cagar Alam CORAHCorah MANISManis SEMPOLANSempolan; Jember, 16,80 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
# Cagar Alam KAWAHKawah IJENIjen MERAPIMerapi UNGGUPUnggup-UNGGUPUnggup; Banyuwangi, 2.468,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
# Cagar Alam JANGGANGANJanggangan REGOJAMPIRegojampi I/II; Banyuwangi, 7,50 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
# Cagar Alam SUNGAISungai KOLBUKolbu IYANGIyang PLATEUPlateu; Bondowoso, 18,80 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
# [[Cagar Alam Manggis Gadungan|Cagar Alam MANGGIS GADUNGAN]]; Kediri, 12,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/ Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
# Cagar Alam GUAGua NGLIRIPNglirip; Bojonegoro, 3,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
# Cagar Alam PANCURPancur IJENIjen I/II; Bondowoso, 3,95 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
# Cagar Alam GUNUNGGunung PICISPicis; Ponorogo, 27,90 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
# Cagar Alam SAOBI–KANGEANSaobiI–Kangean; Sumenep (Madura), 430,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
# [[Pulau Sempu|Cagar Alam PULAUPulau SEMPUSempu]]; Malang, 877,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
# Cagar Alam GUNUNGGunung SIGOGORSigogor; Ponorogo, 190,50 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
# Cagar Alam WATANGANWatangan PUGERPuger I-VI; Jember, 2,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/ Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
# Cagar Alam WIJAYAWijaya KUSUMAKusuma; Cilacap, 1,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
== Yogyakarta ==
|