Ide dan gagasan Cak Nur tentang [[sekularisasi]] dan [[pluralisme]] tidak sepenuhnya diterima dengan baik di kalangan masyarakat Islam Indonesia. Terutama di kalangan masyarakat Islam yang menganut paham tekstualis literalis ([[tradisional]] dan [[konservatif]]salafi) pada sumber ajaran Islam. Mereka menganggap bahwa paham Cak Nur dan Paramadinanya telah menyimpang dari teks-teks [[Alquran]] dan [[As-sunnah]]. Gagasan Cak Nur yang paling kontroversial adalah saat dia mengungkapkan gagasan "''[[Islam Yes, Partai Islam No]]?''" yang ditanggapi dengan polemik berkepanjangan sejak dicetuskan tahun 1970-an <ref>[http://www.jakartapress.com/www.php/news/id/10573/Islam-Yes-Partai-Islam-No-Tetap-Jadi-Polemik.jp "Islam Yes, Partai Islam No" Tetap Jadi Polemik] - ''[[Jakarta Press]]'' [[Daring]], 22 Desember 2009. Diakses 22 April 2010.</ref>, sementara dalam waktu yang bersamaan sebagian masyarakat Islam sedang gandrung untuk berjuang mendirikan kembali partai-partai yang berlabelkan Islam. Konsistensi gagasan ini tidak pernah berubah ketika setelah terjadi reformasi dan terbukanya kran untuk membentuk partai yang berlabelkan agama.
