Pengundian dilangsungkan di [[Monako]] pada tanggal 26 Agustus 2016.<ref>{{cite web |title=UEFA Europa League group stage draw |url=http://www.uefa.com/uefaeuropaleague/season=2017/draws/round=2000792/index.html |website=UEFA.com |publisher=Union of European Football Associations |accessdate=28 Agustus 2016 |language=bahasa Inggris }}</ref>. Terdapat 48 tim yang terdiri dari 4 ''pot'' dan dibagi menjadi 12 grup, dimana klub dari asosiasi liga yang sama tidak dapat berada dalam satu grup. Posisi unggulan (''pot'') ditentukan berdasarkan peringkat klub di [[koefisien UEFA]] tahun 2016.<ref name="club coefficients">{{cite web |title=Club coefficients 2015/16 |url=http://www.uefa.com/memberassociations/uefarankings/club/season=2016/index.html |website=UEFA.com |publisher=Union of European Football Associations |accessdate=28 Agustus 2016 |language=bahasa Inggris }}</ref><ref name="trank">{{cite web |title=UEFA Team Ranking 2016 |url=http://kassiesa.home.xs4all.nl/bert/uefa/data/method4/trank2016.html |website=kassiesa.home.xs4all.nl |publisher=Bert Kassies |accessdate=28 Agustus 2016 |language=bahasa Inggris }}</ref><ref name="seed">{{cite web |title=Seeding in the Europa League 2016/2017 |url=http://kassiesa.home.xs4all.nl/bert/uefa/seedel2016.html |website=kassiesa.home.xs4all.nl |publisher=Bert Kassies |accessdate=28 Agustus 2016 |language=bahasa Inggris |archive-date=2017-05-25 |archive-url=https://web.archive.org/web/20170525153845/http://kassiesa.home.xs4all.nl/bert/uefa/seedel2016.html |dead-url=yes }}</ref>
