TahunPada 1977tahun 1971, Theys menjadi anggota DPRD Provinsi Irian Jaya dari [[Partai Kristen Indonesia]] (Parkindo) hingga Theys pindah ke [[Golkar]] tahun 1977. Ia menjadi anggota DPRD I Irian Jaya hingga tahun [[1992]]. Dalam pemilu berikutnya ia tidak dicalonkan lagi sehingga ia kecewa, dan bersuara lantang terhadap Jakarta. Tahun 1992, dibentuk Lembaga Musyawarah Adat (LMA) yang menyatukan 250 suku Papua. Theys terpilih dan dinobatkan selaku Pemimpin Besar LMA Papua. Ia kemudian menobatkan diri jadi Pemimpin Besar Dewan Papua Merdeka.
Pada [[1 Desember]][[1999]], Theys mencetuskan dekrit Papua Merdeka serta mengibarkan bendera [[Bintang Kejora]]. Lalu pada Mei-Juni [[2000]], ia mengadakan Kongres Nasional II Rakyat Papua Barat, yang lalu dikenal sebagai Kongres Rakyat Papua, Jayapura. Dalam kongres itu, Theys terpilih sebagai Ketua PDP.
Konon ada beberapa faksi dalam [[Tentara Nasional Indonesia]] yang kurang suka akan adanya PDP ini sebab mereka takut bahwa hal ini akan menuju lepasnya Papua dari pangkuan NKRI. Lalu di bawah pemerintahan [[Megawati SukarnoputriSoekarnoputri]] otonomi khusus ini harus dicabut kembali dan ada tuduhan bahwa PDP dihalang-halangi oleh oknum-oknum militer.
