Abepura dahulu bernama '''Hollandia-Binnen''', dan sempat menjadi pusat pemerintahan Belanda di Pulau Papua. Kata "Abepura" berasal dari singkatan Hollandia-Binnen (HB, dilafalkan "habe").
Dalam rangkaian kunjungannya ke Papua, Presiden [[Joko Widodo]] ([[Jokowi]]) berkunjung ke Lembaga Pemasyarakatan (Lapas) Abepura di Kamkey, Kelurahan Kota Baru, Distrik Abepura, Sabtu, 9 Mei 2015. Pada kesempatan ini, Presiden Jokowi memberikan surat persetujuan grasi bagi 5 (lima) tahanan politik Papua.<ref name=blusukan1>[http://presidenri.go.id/blusukan-2/datangi-lapas-abepura-jokowi-berikan-grasi-kepada-tapol-papua.html Datangi Lapas Abepura, Jokowi Berikan Grasi Kepada Tapol Papua] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20180915001803/http://presidenri.go.id/blusukan-2/datangi-lapas-abepura-jokowi-berikan-grasi-kepada-tapol-papua.html |date=2018-09-15 }} - PresidenRI.go.id - 9 Mei 2015.</ref>
