Kariernya dimulai dari panggung teater pada tahun 2007. Pada tahun 2008, ia memperoleh beasiswa untuk mengambil studi akting di [[Institut Seni Indonesia Yogyakarta]]. TahunPada tahun 2009, ia mendapatkan penghargaan sebagai Aktris Monolog FavoriteFavorit dalam Festival Kesenian Yogyakarta. Kemudian pada 2010, ia menjadi perwakilan aktris teater yang berkolaborasi dengan seniman Jepang dalam program Revitalisasi Seni Indonesia-Jepang di [[Osaka]]. Ia juga aktif berkesenian di Padepokan Seni Bagong Kusudiardja hingga tahun 2012 dan pada tahun tersebut juga ia mementaskan karya teater berjudul "The Lover" naskah Harold Pinter di ISI Yogyakarta.
Eka Nusa Pertiwi adalah aktris yang pertama kali mementaskan karya Wishing Chong berjudul ''Heart of Almond Jelly'' ke dalam sebuah pertunjukan teater pada tahun 2015. Ia yang mempopulerkan naskah tersebut kepada anak muda di Indonesia. Eka berhasil membuat penonton terbawa suasana dalam sebuah pertunjukan yang berdurasi hampir 2 jam. Pada saat ini akting Eka Nusa Pertiwi menjadi referensi bagi aktris Indonesia yang ingin mementaskan naskah teater tersebut.
Kiprahnya di dunia film bermula lewat film pendek berjudul ''Travel'', ''Pesan Dari Cinta'', ''The Last Dinner'', kemudian meraih gelar Aktris Terbaik di Festival Film Independent S-Cream lewat film pendek ''Lovely Husband'' pada tahun 2012. Kemudian ia berkesempatan menjadi pemeran utama dalam film ''Mata Tertutup.'' Eka mendapat nominasi aktris pendatang baru terbaik dalam apresiasi film Indonesia dan Piala Maya ''[[Mata Tertutup]]'' dan beradu akting dengan [[Jajang C. Noer]].<ref>[http://filmindonesia.or.id/movie/name/nmp4eab768d46629_eka-nusa-pertiwi Eka Nusa Pertiwi di filmindonesia.or.id], diakses 22 Februari 2017</ref>
Pada tahun 2018. Ia melebarkan kariernya sebagai sutradara Drama Musikal yang berjudul "Ambar dan Ketawang" karya ini merupakan hasil riset dan kerja sama dengan Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan serta Balai Konservasi Sumber Daya Alam Yogyakarta. Karya selanjutnya berjudul "Masquerade" dipentaskan di Hotel Alila. Kedua karya tersebut sangat sukses dan mendapatkan banyak penonton dari segala kalangan. Eka berkata, " Saya ingin anak muda menjadi semakin semangat dan selalu berpikir positif terhadap masa depan Indonesia ketika setelah menonton karya-karya saya".
