Silsilah '''Prof. Dr. K.H. Said Aqil SiradjSiroj, M.A'''. adalah sebagai berikut :
==== Jalur Ayah : ====
<blockquote>Said Aqil SiradjSiroj ''bin'' Aqil SiradjSiroj bin SiradjSiroj ''bin'' Muhammad Said ''bin'' Murtasim ''bin'' Nuruddin ''bin'' Ali ''bin'' Tubagus Ibrahim ''bin'' Abul Mufaqir ''bin'' Sultan Maulana Mansur ''bin'' Sultan Maulana Yusuf ''bin'' Sultan Maulana Hasanuddin ''bin'' Syarif Hidayatullah (Sunan Gunung Jati).</blockquote>
==== Jalur Ibu : ====
<blockquote>Said Aqil SiradjSiroj ''bin'' Afifah ''binti'' Harun ''bin'' Madrawi ''binti'' Pangeran Hasanudin ''bin'' Sultan Anom Kaharuddin I ''bin'' Sultan Anom Abu Sholeh Imamuddin ''bin'' Sultan Anom Khaeruddin ''bin'' Sultan Anom 'Alimuddin ''bin'' Sultan Anom Raja Mandura ''bin'' Sultan Anom Muhammad Badruddin ''bin'' Panembahan Girilaya ''bin'' Pangeran Dipati Anom ''bin'' Panembahan Ratu ''bin'' Pangeran Dipati Carbon ''bin'' Pangeran Pasarean ''bin'' Syarif Hidayatullah (Sunan Gunung Jati).</blockquote>Selanjutnya, dari Syarif Hidayatullah (Sunan Gunung Jati), nasab '''KH. Said Aqil SirajSiroj''' baik dari jalur ayah maupun ibunya tersambung secara runtut hingga Sayyidah Fatimah Az-Zahra binti Rasulallah Muhammd SAW.
