Pada tanggal 3-5 Oktober 1908, Budi Utomo menyelenggarakan kongresnya yang pertama di Kota [[Daerah Istimewa Yogyakarta|Yogyakarta]].<ref>{{Cite web|date=2015-05-20|title=Hari Ini Boedi Oetomo Berdiri|url=https://historia.id/politik/articles/hari-ini-boedi-oetomo-berdiri-DbNqq|website=Historia - Majalah Sejarah Populer Pertama di Indonesia|language=id-ID|access-date=2021-07-30}}</ref> Hasil kongres tersebut menghasilkan Tirtokoesoemo sebagai ketua umum dan Soedirohoesodo sebagai wakil ketua. Kongres tersebut juga mencetuskan tujuan Budi Utomo, yaitu menjamin kehidupan sebagai bangsa yang terhormat serta arah organisasi sebagai organisasi yang berfokus pada pendidikan, pengajaran, dan kebudayaan.<ref name=":0" /> Hingga di adakan nyadiadakannya kongres yang pertama ini, Budi Utomo telah memiliki tujuh cabang di beberapa kota, yakni [[Batavia]], [[Bogor]], [[Kota Bandung|Bandung]], [[Magelang]], [[Yogyakarta]], [[Kota Surabaya|Surabaya]], dan [[Kabupaten Ponorogo|Ponorogo]]. Pada kongres di [[Daerah Istimewa Yogyakarta|Yogyakarta]] ini, diangkatlah [[Raden Adipati Tirtokoesoemo]] (mantan bupati Karanganyar) sebagai presiden Budi Utomo yang pertama. Semenjak dipimpin oleh Raden Adipati Tirtokoesoemo, banyak anggota baru Budi Utomo yang bergabung dari kalangan bangsawan dan pejabat kolonial, sehingga banyak anggota muda yang memilih untuk menyingkir. Pada masa itu pula muncul [[Sarekat Islam]], yang pada awalnya dimaksudkan sebagai suatu perhimpunan bagi para pedagang besar maupun kecil di Solo dengan nama [[Sarekat Islam|Sarekat Dagang Islam]], untuk saling memberi bantuan dan dukungan. Tidak berapa lama, nama itu diubah oleh, [[Tjokroaminoto]], menjadi Sarekat Islam, yang bertujuan untuk mempersatukan semua orang [[Indonesia]] yang hidupnya tertindas oleh penjajahan. Sudah pasti keberadaan perkumpulan ini ditakuti orang Belanda. Munculnya gerakan yang bersifat politik semacam itu menyebabkan Budi Utomo agak terdesak ke belakang. Kepemimpinan perjuangan orang Indonesia diambil alih oleh Sarekat Islam dan [[Indische Partij]] karena dalam arena politik Budi Utomo memang belum berpengalaman. Karena gerakan politik perkumpulan-perkumpulan tersebut, makna [[nasionalisme]] makin dimengerti oleh kalangan luas. Ada beberapa kasus yang memperkuat makna tersebut. Ketika Peme
