Fansipan terbentuk sekitar 250-260 juta tahun yang lalu, antara periode [[Perm (periode)|Perm]] dipada era [[Paleozoikum]] dan periode [[Trias]] dipada era [[Mesozoikum]].<ref name="hoanglienpark">{{cite web|title=Đỉnh Fansipan|url=http://dulichsinhthaihoanglien.com/dinh-fansipan.htm|website=Trung tâm Giáo dục Môi trường & Dịch vụ Môi trường Hoàng Liên|publisher=[[Hoang Lien National Park]]|accessdate=20 Mei 2018|language=vi}}</ref> Orogeni Himalaya yang terjadi sejak sejak Mesozoikum Akhir telah mengangkat Fansipan dan Pegunungan Hoang Lien Son lebih jauh dan menciptakan Sesar Sungai Merah di sebelah timur.<ref name="VUGS">{{cite web|title=Đá đỉnh Fansipan "chợt già thêm" vài trăm triệu tuổi|url=http://tonghoidiachat.vn/index.php?option=com_content&view=article&id=90:tuoi-thuc-cua-nui-fansipan&catid=3:phobienkienthuc&Itemid=4|publisher=Vietnam Union of Geological Sciences|accessdate=20 Mei 2018|language=vi|archive-date=2020-09-24|archive-url=https://web.archive.org/web/20200924202023/http://tonghoidiachat.vn/index.php?option=com_content&view=article&id=90:tuoi-thuc-cua-nui-fansipan&catid=3:phobienkienthuc&Itemid=4|dead-url=yes}}</ref>
