Pada tahun [[1991]], ia mendominasi kejuaraanKejuaraan catalanCatalan kelas 80cc dengan ''pole position'', lap tercepat serta kemenangan di tiap seri. Prestasinya tersebut mendorongnya pindah ke kejuaraan Eropa kelas 125 cc satu tahun kemudian. Setelah menjalani debut balap Grandprix di GP 125cc Eropa tahun 1993 dan beberapa penampilan wildcard di GP 250cc, ia mendapat tawaran menunggangi NSR 250 di tim Sito Pons Honda pada tahun 1995. Cedera yang diderita rekan satu timnya di kelas 500cc, [[Alberto Puig]], memberi kesempatan kepada Checa sebagai pengganti, dan menjalani debut pertamanya di kelas puncak saat itu juga. danCheca dengan cepat beradaptasi dengan motor yang jauh lebih bertenaga.
Pada tahun 1996 ia menjadi rekan satu tim Puig dan memenangimemenangkan balapan Grand Prix pertamanya di negerinya sendiri, di [[Catalunya]]. Checa hampir kehilangan nyawa dalam kecelakaan dahsyat di sirkuit [[Donington Park]] tahun 1998, mengakhiri musim keenamnya bersama tim utama pabrikan Yamaha pada tahun 2004 dengan posisi ke-tujuh di klasemen akhir, sementara rekan satu timnya meraih titelgelar juara dunia. Pembalap yang dijuluki "El Toro" ini akhirnya meninggalkan tim ofisialresmi Yamaha dan bergabung bersama tim [[Ducati Corse|Marlboro Ducati]]. Dengan mengendarai motor Ducati Desmosedici ia meraih dua kali juara tiga di akhir musim dan menduduki peringkat 9 dengan 138 poin. Pada musim 2006 ia kembali mengendarai motor Yamaha YZR-M1 di Yamaha Tech 3.
Tahun 2007 pindah ke [[Team LCR|Honda LCR]], tetapi penampilannya di MotoGP 2007 tidak memuaskan.
