Romo Ruby, panggilan dari Robertus Rubiyatmoko, mengawali pendidikan imamatnya di [[Seminari Petrus Kanisius Mertoyudan|Seminari Menengah Santo Petrus Kanisius Mertoyudan]], Magelang. Usai menyelesaikan pendidikan tahun rohani sebagai calon [[frater diosesan]] [[Keuskupan Agung Semarang|KAS]] di [[Seminari Tahun Rohani]] [[Keuskupan Agung Semarang]] di [[Wisma Jangli]] [[Kota Semarang|Semarang]] tahun 1984-1985, ia melanjutkan pendidikan belajar filsafat dan teologi di Fakultas Wedabhakti [[Universitas Sanata Dharma]] Yogyakarta dan tinggal di [[Seminari Tinggi]] Santo Paulus Kentungan [[Kota Yogyakarta|Yogyakarta]]. Ia ditahbiskan menjadi imam tanggal 12 Agustus 1992.<ref>{{Cite web|url=http://www.unigre.it/TG/Diritto_canonico/diritto31.htm|title=Robertus RUBIYATMOKO, Competenza della chiesa nello scioglimento del vincolo del matrimonio non sacramentale. Una ricerca sostanziale sullo scioglimento del vincolo matrimoniale|last=PUG|first=Janusz Kowal -|website=www.unigre.it|access-date=2017-03-21|archive-date=2017-03-21|archive-url=https://web.archive.org/web/20170321201752/http://www.unigre.it/TG/Diritto_canonico/diritto31.htm|dead-url=yes}}</ref>
Semasa menjadi Imam, Romo Ruby sempat bertugas di [[Gereja Santa Maria Assumpta, Pakem|Paroki Santa Maria Assumta Pakem]] pada tahun 1992 hingga 1993.<ref>{{Cite web|url=http://www.hidupkatolik.com/2017/03/18/profil-robertus-rubiyatmoko-usskup-semarang/|title=Profil Mgr Robertus Rubiyatmoko, Uskup Semarang|last=Sugiyanto|first=Antonius E.|website=HIDUPKATOLIK.com|access-date=2017-03-21}}</ref> Ia lalu ditugaskan oleh Uskup Agung [[Keuskupan Agung Semarang]] waktu itu yakni [[Monsinyur|Mgr]]. [[Julius Darmaatmadja]], [[Yesuit|SJ]] untuk belajar Hukum Gereja di [[Roma]], [[Italia]]. Romo Ruby memperoleh gelar Doktor Ilmu Hukum Gereja dari [[Universitas Kepausan Gregoriana|Universitas Gregoriana]], Roma. Selama menjalani studi di Roma dia tinggal di [[Asrama Kepausan]] [[Belanda]] dari tahun 1993 hingga 1997. Sebelum ditunjuk menjadi Uskup Agung Semarang, dia bertugas sebagai staf [[Seminari Tinggi Santo Paulus Kentungan]] Yogyakarta dan dosen [[Hukum Gereja]] Fakultas Teologi Wedabhakti, [[Universitas Sanata Dharma]], Yogyakarta.<ref>{{Cite web|url=http://berita.suaramerdeka.com/smcetak/robertus-rubiyatmoko-uskup-agung-semarang/|title=Robertus Rubiyatmoko Uskup Agung Semarang {{!}} suaramerdeka.com|website=berita.suaramerdeka.com|language=id-ID|access-date=2017-03-21|archive-date=2017-03-20|archive-url=https://web.archive.org/web/20170320235447/http://berita.suaramerdeka.com/smcetak/robertus-rubiyatmoko-uskup-agung-semarang/|dead-url=yes}}</ref> Pada tahun 2011, ia diangkat menjadi [[Vikaris yudisial|Vikaris Yudisial]] Keuskupan Agung Semarang.<ref>{{Cite web|url=http://www.antarajateng.com/detail/robertus-rubiyatmoko-jadi-uskup-agung-semarang.html|title=Robertus Rubiyatmoko Jadi Uskup Agung Semarang - ANTARA Jateng|website=www.antarajateng.com|language=id|access-date=2017-03-21}}</ref>
