Atambua terletak pada ketinggian 350 m350m [[dpl]], dengan [[suhu]] berkisar antar 27-37 [[derajat Celsius]] membuat daerah ini cukup hangat. Sekeliling kota Atambua dipagari oleh perbukitan sehingga kota Atambua cukup terlindungi dari terjangan angin yang keras, namun ini juga menyebabkan tidak banyak dataran yang rata di seputar kota Atambua. Atambua adalah kota yang tidak rawan akan bencana Alam misalnya [[banjir]], [[tsunami]], [[tanah longsor]] yang bisa menimbulkan kerusakan yang cukup parah, karena kota ini terletak di antara pegunungan dan memiliki banyak lahan yang masih belum tersentuh (hijau).
Kota Atambua saat ini membentang sejauh kurang lebih 8,5 km dari Utara (Haliwen) ke Selatan (Motabuik) dan sekitar 5 km dari Timur (Fatubenao) ke Barat (WekatimunUmanen). Luas Kota Atambua adalah 56.18 km², atau 56.180 Ha, terbagi habis menjadi 3 kecamatan, dan 12 kelurahan. Tetap belum semua wilayah kota Atambua dimanfaatkan karena kurangnya akses jalan ke wilayah tersebut, sehingga hanya 2/3 wilayah yang dapat dimanfaatkan. Sisanya 1/3 belum tersentuh (lahan hijau).{{update inline}}
Sedangkan untuk letak astronomis, Kota Atambua terletak pada Koordinat 09° 10’ LS 125° 00’ BT.
