Pastikan lokasi yang dipilih bebas dari limbah beracun seperti [[tembaga]], [[seng]], [[merkuri]], [[cadmium]], [[timah]] dan lainnya.<ref name="agraris">{{id}} {{cite web |url=httphttps://agrarisditulis.adakata.comid/teknik-budidaya-kerang-hijau/ |title=Agraris |publisher=Teknik Budidaya Kerang Hijau |accessdate=10 Mei 2014 |archive-date=2014-05-13 |archive-url=https://web.archive.org/web/20140513012215/http://agraris.adakata.com/budidaya-kerang-hijau/ |dead-url=yes }}</ref> Hindari juga lokasi yang berdekatan dengan [[sungai]] untuk menghindari limbah rumah tangga seperi [[detergen]] dan [[sabun]] mandi.<ref name="agraris"/> Limbah tersebut dapat memicu munculnya berbagai [[bakteri]] seperti ''[[Eschericia coli]]'', ''[[Salmonella]]'', dan ''[[Shigella]]'' yang bisa berbahaya bagi [[manusia]] yang mengkonsumsi kerang hijau.<ref name="agraris"/> Lokasi yang baik adalah lokasi yang memiliki suhu berkisar antara 27-37 derajat celcius dan tingkat pH di angka 6-8.<ref name="agraris"/>
