Apolipoprotein B dalam bentuk ApoB100 merupakan apolipoprotein utama, atau bisa berbentuk yang menjadi bagian protein dari partikel lipoprotein. Gen penyandi terletak pada [[Kromosom 2 (manusia)|kromosom kedua]] (2p24-p23) dan berukuran 46,2 kb. FH sering dikaitkan dengan mutasi R3500Q, yang menyebabkan penggantian [[Arginina|arginin]] oleh [[Glutamina|glutamin]] pada posisi 3500. Mutasi terletak pada bagian protein yang biasanya berikatan dengan reseptor LDL, dan ikatannya berkurang akibat mutasi. Seperti ''LDLR'', jumlah salinan abnormal menentukan tingkat keparahan hiperkolesterolemia.<ref name="Rader2003">{{Cite journal|year=2003|title=Monogenic hypercholesterolemia: new insights in pathogenesis and treatment|journal=J. Clin. Invest.|volume=111|issue=12|pages=1795–803|doi=10.1172/JCI18925|pmc=161432|pmid=12813012|vauthors=Rader DJ, Cohen J, Hobbs HH}}</ref><ref name="Grundy1986">{{Cite journal|year=1986|title=In vivo evidence for reduced binding of low density lipoproteins to receptors as a cause of primary moderate hypercholesterolemia|journal=J. Clin. Invest.|volume=78|issue=5|pages=1410–4|doi=10.1172/JCI112729|pmc=423848|pmid=3771801|vauthors=Vega GL, Grundy SM}}</ref>
